Caracterización del paisaje de células madre y identificación del gen ENY2 relacionado con la stemness en cáncer colorrectal mediante análisis transcriptómico integrado.

Las células madre cancerosas (CSCs) impulsan la progresión, metástasis y resistencia terapéutica del cáncer colorrectal (CRC), pero su heterogeneidad limita la eficacia de los tratamientos dirigidos. Es crucial aclarar el paisaje de stemness y las mecanismos subyacentes para desarrollar terapias efectivas contra el CRC. Integrando datos de 10 × células únicas de GSE201348 y GSE161277, construimos un atlas de células únicas de nueve muestras primarias de CRC. Las CSCs fueron identificadas mediante análisis scRNA-seq.

Usando herramientas bioinformáticas integrativas, identificamos ENY2 como marcador relacionado con stemness y exploramos su posible papel en el CRC. Comparamos además las variantes genéticas, la infiltración inmune y la sensibilidad a los fármacos entre grupos de alta y baja expresión de ENY2. Se identificaron clústeres de células madre (M0 y M7) en el CRC basándose en variaciones numéricas del cromosoma, trayectoria pseudotemporal y análisis CytoTRACE. Integrando perfiles de marcadores génicos, DEGs de GSE33113, genes CSC basados en CytoTRACE y genes pronóstico de GSE17536, identificamos dos marcadores clave relacionados con stemness: ENY2 y PKM.

Se priorizó la investigación adicional sobre ENY2 debido a su limitada exploración en el CRC. Los análisis bioinformáticos revelaron que ENY2 estaba significativamente aumentado y asociado con un pronóstico desfavorable. Las analíticas de riqueza indican su participación en los objetivos MYC y E2F, en el punto de control G2M y en las vías EMT. La predicción de sensibilidad a los fármacos sugiere que la alta expresión de ENY2 puede conferir respuesta a 5-fluorouracil, capecitabina, oxaliplatino y otros 24 agentes potenciales.

ENY2 podría actuar como un marcador biomolecular clave asociado con CSCs que promueve la tumorigénesis y metástasis del CRC a través de la vía EMT, lo cual mejora nuestra comprensión de la patogenia del CRC y destaca a ENY2 como un potencial objetivo para el diagnóstico y tratamiento.