El cáncer colorrectal (CRC) es una de las principales causas de muerte a nivel mundial. Las células madre del cáncer colorrectal (CCSCs) son una subpoblación celular crítica y rara que impulsa su progresión maligna, resistencia al tratamiento y recurrencia tumoral. Comprender los mecanismos de desarrollo de las CCSCs es crucial para elucidar la evolución del tumor e identificar potenciales objetivos terapéuticos. La proteómica, como método de alta capacidad para la detección de proteínas, se ha utilizado ampliamente para detectar los mecanismos de ocurrencia y desarrollo tumoral.
Sin embargo, la escasez de CCSCs hace que obtener muestras sucesivas suficientes para estudios tradicionales de proteómica sea un desafío. Aquí, construimos una plataforma multi-ómic basada en proteómica de bajo número celular, transcriptoma y metabolómica (LCNP-T-M) para estudiar el desarrollo dinámico de las CCSCs. La LCNP logró la identificación de 5774 - 5992 proteínas bajo condiciones de entrada baja, lo que significativamente mejoró la cobertura del proteoma. A través de la plataforma LCNP-T-M, identificamos siete factores reguladores clave: ROCK1, PPP2R5A, RHOA, JUN, GCLM, PIK3CB y AK6.
La RT-qPCR reveló su sobreexpresión específica en etapas durante la inducción de las CCSCs y mostró su potencial como objetivos terapéuticos. La plataforma LCNP-T-M proporciona un marco técnico efectivo y una base teórica para investigar los mecanismos de las CCSCs y el descubrimiento de objetivos.
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