Corrección del Efecto de Lote en un Estudio Clínico de Correlación Funcional con Organoides de Cáncer Colorrectal

Los efectos de lote se reconocen como fuentes importantes de confusión técnica en ensayos de alto rendimiento.

Sin embargo, su impacto en estudios de organoides recibe poca atención en la literatura. A medida que los organoides ganan prominencia como una clase de nuevas metodologías emergentes (NAMs), considerar la variación por lote se volverá cada vez más importante para garantizar la reproducibilidad de los datos e interpretaciones precisas en estudios preclínicos y clínicos. En este manuscrito, proporcionamos una descripción práctica de nuestro trabajo en la detección, caracterización y corrección de efectos por lote en un estudio retrospectivo clínico publicado sobre la respuesta a medicamentos en organoides de cáncer colorrectal. Detallamos el flujo de trabajo que empleamos, incluyendo diagnósticos exploratorios, detección de desplazamiento experimental y ajuste estadístico.

Describimos los métodos utilizados para evaluar efectos por lote, monitorear el desplazamiento longitudinal y seleccionar enfoques para eliminar artefactos técnicos, preservar la señal biológica y probar la robustez. Nuestra experiencia demuestra que incluso en estudios de tamaño moderado, los resultados pueden verse adversamente afectados por una consideración insuficiente y esfuerzos para mitigar los efectos por lote. Al documentar los desafíos que enfrentamos y las soluciones implementadas en nuestro estudio, esperamos proporcionar una referencia práctica seminal para investigadores de organoides y facilitar un mayor debate y adopción de prácticas robustas de compensación por lote en el campo de los organoides, asegurando que el tema sea abordado con más frecuencia, mejorado e incluso estandarizado eventualmente.