La organización espacial de los tumores es crucial para el desarrollo de medicamentos, ya que la heterogeneidad espacial en las células cancerosas y el microambiente tumoral puede presentar una barrera significativa para terapias efectivas. Los organoides derivados de tumores del paciente (PDOs) ofrecen plataformas prometedoras para estudiar la biología tumoral y para el desarrollo de medicamentos. Estudios previos han demostrado que los PDOs pueden mantener la heterogeneidad genómica/clonal de los tumores, así como la heterogeneidad en la expresión.
Sin embargo, la heterogeneidad espacial de los PDOs y su correlación con los tumores originales sigue siendo incierta. Proponemos una plataforma integrada que combina transcriptomica espacial e análisis fenotípicos de PDOs para capturar y rastrear la heterogeneidad espacial. Esta plataforma integra cultivos multiplexados de organoides con transcriptómica espacial basada en imágenes y análisis a resolución de un solo organoide. Validamos la plataforma comparando los resultados con datos transcriptómicos unicelulares no espaciales y el análisis transcriptómico espacial de tumores donantes.
La combinación de PDOs ex vivo y transcriptomica espacial podría abrir nuevas vías para el desarrollo de medicamentos.
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