Fixative eXchange (FX)-seq: Análisis escalable de secuenciación de ARN de un solo núcleo de tejido fijado con formaldehído o incluido en parafina (FFPE).

El secuenciamiento de ARN de un solo núcleo (snRNA-seq) de muestras clínicas fijadas con formaldehído e incluidas en parafina (FFPE) ha sido un desafío debido al bajo rendimiento en la transcripción inversa (RT). Aquí, presentamos Fixative-eXchange (FX)-seq, un método de snRNA-seq altamente escalable para muestras fijadas en gran medida con paraformaldehído (PFA) y/o FFPE. Empleamos un organocatalizador para facilitar la eliminación de los enlaces cruzados de PFA y aumentar el rendimiento de la RT, así como un enlace cruzado adicional y regioespecífico basado en Pt(II) de las moléculas de ARN para evitar fugas. FX-seq revela la heterogeneidad celular en múltiples muestras fijadas mediante el análisis de 321.710 núcleos, incluidos tejidos fijados con PFA, bloques FFPE, secciones delgadas FFPE y secciones teñidas con hematoxilina y eosina (H&E) de cerebro de ratón y especímenes de cáncer humano, como el tumor del estroma gastrointestinal y el cáncer colorrectal.

FX-seq permite un análisis integrado con la anotación de un patólogo para etiquetar las regiones tumorales y no tumorales de las secciones teñidas con H&E. FX-seq también se puede aplicar a estudios en animales basados en la perfusión con PFA, estudios de grandes cohortes humanas y tratamiento farmacológico personalizado a través de la medicina de precisión.