HERVOminer: un enfoque basado en similitud de secuencia para reconocer el origen de los retrovirus endógenos del peptidoma.

Resumen: Determinar antígenos específicos del tumor (ATS) derivados de regiones de retrovirus endógenos humanos (HERV) es crucial porque los HERVs son una fuente prometedora de ATS compartidos. Sin embargo, las herramientas sistemáticas para rastrear con precisión el origen peptídico están limitadas por la alta homología de las secuencias HERV, la complejidad de cuantificar lecturas multi-mapeo y un énfasis previo principalmente en la repetición terminal larga. Con este fin, desarrollamos una aproximación basada en similitud de secuencia (HERVOminer) para identificar los orígenes HERV de péptidos a partir de nuestras bases de datos predefinidas de marcos abiertos de lectura (MARs) HERV. HERVOminer comparó la similitud de secuencia entre MARs y péptidos candidatos, cuantificó su expresión para determinar el fragmento HERV más expresado y visualizó los resultados. En nuestra investigación de 15 cohortes de cáncer colorrectal, se encontraron ATS candidatos con orígenes HERV abundantemente expresados y ampliamente compartidos. Usando ELISpot, confirmamos la inmunogenicidad del ATS candidato. Además, aplicando HERVOminer a péptidos derivados de HERV de estudios preclínicos y clínicos, con cuantificación en muestras de cáncer colorrectal, se revelaron orígenes genómicos más amplios, con mayor expresión en tejido tumoral que en tejido normal. HERVOminer se implementa como una interfaz web interactiva y un paquete de línea de comandos. HERVOminer puede acelerar el desarrollo de nuevas intervenciones terapéuticas, como vacunas contra el cáncer listas para usar.

La pérdida de ARID1A desreprime un grupo de loci del virus retrovirus endógeno humano-H para modular la transcripción dependiente de BRD4 Artículo Acceso abierto 17 junio 2022 La expresión, regulación y función de los virus retroviruses endógenos en cánceres genitourinarios Artículo Acceso abierto 28 noviembre 2025 La expresión diferencial de un elemento viral endógeno [HERV-K(HML-6)] está asociada con una supervivencia reducida en pacientes con glioblastoma Artículo Acceso abierto 27 abril 2022

Disponibilidad de datos Los datos brutos de RNA-seq presentados en el caso 1 y 2 se pueden encontrar en la base de datos NCBI bajo el número de acceso BioProject PRJNA1171785. Los datos proteómicos están disponibles en la base de datos PRIDE (https://www.ebi.ac.uk/pride/) bajo el número de acceso PXD057687. Disponibilidad del código Todos las herramientas utilizadas en este estudio son públicamente accesibles. Instrucciones completas de HERVOminer, incluyendo descripciones de entrada y salida y ejemplos, están disponibles públicamente en la interfaz web (https://hervominer.cgm.ntu.edu.tw) y GitHub (https://github.com/jade-f-t/HERVOminer). ReferenciasXie, N. et al. Neoantígenos: objetivos prometedores para el tratamiento del cáncer. Signal Transduct. Target Ther. 8, 9 (2023). Google Scholar Smith, C. C. et al. Antígenos específicos de tumores alternativos. Nat. Rev. Cancer 19, 465–478 (2019). Google Scholar Richters, M. M. et al. 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ChuangInstituto Graduado de Electrónica Biomédica y Bioinformática, Universidad Nacional de Taiwán, Taipei, TaiwánTsz Wun Fok & Eric Y. ChuangDepartamento de Imagenología Biomedicada y Radiología Científica, Universidad Médica China, Taichung, TaiwánKevin Chih-Yang HuangUnidad de Investigación Translacional, Hospital Universitario de la Universidad Médica China, Taichung, TaiwánKevin Chih-Yang HuangCentro de Biología del Cáncer y Terapias Precisas, Universidad Médica China, Taichung, TaiwánKevin Chih-Yang HuangOficina de Investigación y Desarrollo, Universidad Asia, Taichung, TaiwánKevin Chih-Yang HuangInstituto de Biotecnología, Universidad Nacional de Taiwán, Taipei, TaiwánMong-Hsun TsaiDepartamento de Fisiología, Facultad de Medicina, Universidad Nacional de Taiwán, Taipei, TaiwánLiang-Chuan LaiInstituto de Análisis y Estadísticas de Datos de Salud, Universidad Nacional de Taiwán, Taipei, TaiwánTzu-Pin LuCentro de Terapia con Protones y Ciencia, Hospital Universitario de la Universidad Médica China, Taichung, TaiwánK. S. Clifford ChaoInstituto Graduado de Ciencias Biomédicas, Universidad Médica China, Taichung, TaiwánK. S. Clifford ChaoLaboratorios de Tecnología y Dispositivos Biomédicos, Instituto de Investigación Industrial Técnica, Hsinchu, TaiwánEric Y. ChuangPrograma Maestría en Tecnología Inteligente, Instituto de Investigación para la Ciencia y la Tecnología del Frente de Innovación, Universidad Nacional de Taipei, Taipei, TaiwánChien-Yueh LeeDepartamento de Ingeniería Eléctrica, Universidad Nacional de Taipei, Taipei, TaiwánChien-Yueh LeeAutoresChia-Hsin WuVer publicaciones del autorBuscar al autor en:PubMed Google ScholarTsz Wun FokVer publicaciones del autorBuscar al autor en:PubMed Google ScholarKevin Chih-Yang HuangVer publicaciones del autorBuscar al autor en:PubMed Google ScholarMong-Hsun TsaiVer publicaciones del autorBuscar al autor en:PubMed Google ScholarLiang-Chuan LaiVer publicaciones del autorBuscar al autor en:PubMed Google ScholarTzu-Pin LuVer publicaciones del autorBuscar al autor en:PubMed Google ScholarK. S. Clifford ChaoVer publicaciones del autorBuscar al autor en:PubMed Google ScholarEric Y. ChuangVer publicaciones del autorBuscar al autor en:PubMed Google ScholarChien-Yueh LeeVer publicaciones del autorBuscar al autor en:PubMed Google ScholarContribucionesC.Y.L., E.Y.C. y C.H.W. concebieron y supervisaron el estudio; C.H.W., F.T.W. y C.Y.L. diseñaron el algoritmo; F.T.W. e C.H.W. implementaron el algoritmo; K.C.Y.H. y K.S.C.C. recopilaron todos los datos de RNA-seq y LC-MS/MS; F.T.W. diseñó la estructura de programación de HERVOminer; F.T.W. y C.H.W. probaron cada función de HERVOminer; C.H.W. e F.T.W. escribieron el manuscrito. F.T.W. escribió README en GitHub. Todos los autores leyeron y aprobaron el manuscrito. CorrespondenciaCorrespondencia a Chien-Yueh Lee.Declaraciones éticasCompetencia de intereses Los autores declaran no tener conflictos de interés. Información adicionalNota del editor Springer Nature Springer Nature se mantiene neutral con respecto a las reclamaciones jurisdiccionales en mapas publicados e afiliaciones institucionales.Derechos y permisos Licencia Creative Commons Este artículo está sujeto a una licencia Creative Commons Attribution 4.0 Internacional (CC BY), que permite el uso, la distribución y la reproducción en cualquier medio o formato, siempre que se dé crédito al autor original y a la fuente, se incluya un enlace a la licencia, e indique si se han realizado cambios. Las imágenes o material de terceros incluidas en este artículo están sujetas a las condiciones de la licencia del Creative Commons, salvo que se indique lo contrario en una línea de crédito al material. Si el material no está incluido en la licencia del Creative Commons y su uso no está permitido por ley o excede los límites permitidos, deberá obtener permiso directamente del titular de los derechos de autor. Para ver una copia de esta licencia, visite http://creativecommons.org/licenses/by/4.0/.Reimpresión y permisosSobre este artículoCitar este artículoWu, C., Fok, T., Huang, K. et al. HERVOminer: un enfoque basado en la similitud de secuencia para reconocer el origen del peptidoma de los virus retrovirales endógenos. npj Precis. Onc. (2026). https://doi.org/10.1038/s41698-026-01370-9Descargar citaRecibido: 12 agosto 2025Aceptado: 2 marzo 2026Publicado: 18 marzo 2026DOI: https://doi.org/10.1038/s41698-026-01370-9