TNMplot: una plataforma mejorada para la identificación de dianas farmacológicas mediante el análisis de la expresión génica en diferentes estadios y en diversos tipos de cáncer.

TNMplot.com, una plataforma web que integra datos de RNA-Seq y de microarrays de 56.938 muestras, permite realizar análisis de expresión génica diferencial en tejidos normales, tumores primarios y metástasis, facilitando el perfilado transcripcional a gran escala en 22 tipos de tumores. Hemos introducido una versión actualizada de la base de datos TNMplot con nuevas funciones que respaldan la investigación farmacológica y traslacional en oncología. Una de las principales novedades es la comparación de la expresión basada en el estadio, que permite la identificación de genes relacionados con la progresión a partir de 4470 muestras de cáncer, incluidos tumores de mama (n = 2331), colorrectales (n = 648), de pulmón (n = 1399), de piel (n = 31) y de próstata (n = 61). Estos marcadores de progresión pueden ayudar a identificar dianas farmacológicas y a determinar el momento óptimo para la intervención terapéutica.

La plataforma ahora incluye herramientas de visualización mejoradas, como una matriz de puntos pancancerosa que permite la comparación simultánea de múltiples tejidos y múltiples genes, y nuevos análisis multigenéticos que incluyen gráficos de densidad, correlación gen-gen, matrices de correlación, análisis de perfiles de correlación, evaluación de firmas génicas y análisis de targetogramas. Estas herramientas respaldan la investigación de vías susceptibles de ser moduladas farmacológicamente, redes de coexpresión y paneles de biomarcadores farmacogenómicos. Una característica única de TNMplot sigue siendo el análisis paralelo de los conjuntos de datos de RNA-seq y de microarrays, lo que permite una validación sólida entre plataformas de posibles dianas farmacológicas en diversas poblaciones de pacientes.

En conclusión, la plataforma TNMplot actualizada ofrece un entorno completo y versátil para el análisis transcripcional que respalda la generación de hipótesis farmacológicas, el descubrimiento de biomarcadores y la validación preclínica de dianas en oncología.