La transcriptómica espacial unicelular identifica programas celulares coordinados asociados con un buen pronóstico en el cáncer colorrectal con estabilidad microsatelital.

Se ha informado que los tumores con inestabilidad de microsatélites (MSI) en el cáncer colorrectal (CRC) presentan respuestas antitumorales más potentes que los tumores con estabilidad de microsatélites (MSS). Al analizar los datos de secuenciación de ARN unicelular (scRNA-seq) de 185 pacientes con CRC, observamos que las células inmunitarias, estructurales y cancerosas en los tumores MSS con un alto número de células T CD8 infiltrantes y macrófagos (TAM; CD8hiTAMhi) y tumores CD8lowTAMhi estaban enriquecidas con vías asociadas con respuestas antitumorales y pro-tumorales, respectivamente. En los tumores CD8hiTAMhi, los TAM expresaban un fenotipo inducido por IFN (por ejemplo, GBP1, CXCL9, IFITM3) y una alta infiltración de TAM GBP1+ se asoció con una mejor supervivencia global (n = 941). La transcriptómica espacial de alta resolución (Visium HD) reveló que los TAM GBP1+ se agrupaban con las células T CD8 CXCL13+IFNG+PDCD1+ en los nichos tumorales, lo que sugiere que los TAM GBP1+ estaban implicados en el reclutamiento y la activación de las células T CD8 reactivas contra el tumor.

En conjunto, descubrimos programas celulares coordinados en los diferentes tipos de células del microambiente de los tumores MSS, basándose en variables de clasificación simples, que estaban fuertemente asociados con el pronóstico.