Antecedentes: Establecer relaciones funcionales entre los potenciadores distales y sus genes diana es un desafío central en la biología del genoma y la genética del cáncer.
Las perturbaciones mediadas por CRISPR/dCas9, seguidas de la secuenciación de ARN de una sola célula (Perturb-seq), han surgido como un medio eficiente para establecer relaciones entre potenciadores y genes diana. Resultados: Utilizamos Perturb-seq CRISPRi a nivel del genoma con 35.139 ARN guía dirigidos a 12.117 potenciadores para crear un mapa funcional de potenciadores y genes del cáncer colorrectal (CRC), identificando 238 asociaciones regulatorias significativas (FDR < 0,1).
La integración de datos de accesibilidad de la cromatina (ATAC-seq), perfiles de modificación de histonas (ChIP-seq) y captura de conformación de la cromatina de ultraalta resolución (Micro-C) reveló que la regulación de los potenciadores en el CRC está restringida por los dominios topológicos y, a menudo, se dirige al gen más cercano, hallazgos corroborados por el modelado de actividad por contacto. Conclusiones: Proporcionamos un mapa completo de las interacciones funcionales entre potenciadores y genes para el CRC. Este recurso debería proporcionar una base para el estudio de la regulación génica en la tumorigénesis del cáncer colorrectal y para la priorización de posibles factores no codificantes en los estudios de secuenciación del cáncer.
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