Este estudio explora las características transcriptómicas, mutacionales e inmunogénicas asociadas con los genes diferencialmente expresados (DEGs) en cáncer colorrectal (COAD), cáncer de hígado (LIHC), cáncer de pulmón (LUAD), cáncer gástrico (STAD) y cáncer de mama (BRCA). Mediante la aplicación de algoritmos bioinformáticos integrados, descubrimos genes centrales comunes con expresión diferencial positiva y negativa, y evaluamos su importancia pronóstica, modificaciones genómicas, variaciones en el número de copias, enriquecimiento funcional y participación en vías de señalización. La sobreexpresión persistente de ANLN y CTHRC1 en cinco tipos de cáncer, junto con malos resultados en la supervivencia, subraya su idoneidad para el desarrollo de vacunas multi-epítópicas, lo que enfatiza su potencial antigénico y su importancia como objetivos terapéuticos universales. Cinco genes (ABCA8, PDK4, MT1M, TMEM100 y LIFR) mostraron una regulación a la baja constante y demostraron características supresoras de tumores.
Los análisis genómicos demostraron frecuencias de mutación elevadas en ABCA8 y LIFR, predominantemente transiciones C>T que sugieren firmas mutacionales relacionadas con la edad. Las alteraciones en el número de copias confirmaron amplificaciones oncogénicas (ANLN y CTHRC1) y deleciones de supresores de tumores (por ejemplo, ABCA8). El enriquecimiento funcional asoció los genes diferencialmente expresados con la mitosis, la segregación cromosómica y las vías metabólicas. Se ha establecido una vacuna multi-epítópica dirigida a ANLN y CTHRC1, utilizando epítopos B y T predichos, β-defensina como adyuvante y enlazadores eficientes.
La validación estructural indicó un plegamiento, estabilidad y solubilidad deseables. La vacuna exhibió una unión significativa a MHC, logrando una cobertura de la población global del 99%, junto con hallazgos de una fuerte simulación inmunitaria. La optimización de codones y la posterior clonación en el vector pET28a(+) confirmaron la preparación para la expresión bacteriana. ANLN y CTHRC1 demuestran ser objetivos significativos para la inmunoterapia universal.
La vacuna multi-epítópica demuestra una eficacia significativa in silico y tiene el potencial de ser ampliamente utilizada como inmunoterapia contra el cáncer.
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