La caracterización integrativa a nivel transcriptómico y mediante el análisis de proteínas a nivel de célula única del carcinoma colorrectal permite identificar distintos microambientes inmunitarios tumorales asociados con la supervivencia global.

El carcinoma colorrectal (CRC) es un grupo heterogéneo de tumores con diferentes respuestas terapéuticas y pronósticos, y la evidencia sugiere que el microambiente inmunitario tumoral (TIME) desempeña un papel fundamental. Mediante el uso de tecnologías avanzadas de biología molecular y espacial, nuestro objetivo fue evaluar el TIME en pacientes con CRC para determinar si las características específicas de la composición inmunitaria se correlacionan con el pronóstico. Identificamos muestras de tumores primarios y metastásicos de 31 pacientes que consintieron participar, y se realizó un perfilado mediante secuenciación del exoma completo y secuenciación masiva de ARN (bulk RNA-seq). Se realizó una deconvolución de las células inmunitarias, seguida de un análisis de enriquecimiento de conjuntos de genes y un agrupamiento no supervisado.

Un subconjunto de tumores se sometió a un análisis in situ de la composición espacial del TIME a nivel de resolución unicelular mediante citometría de masas por imagen. El análisis de enriquecimiento de conjuntos de genes reveló dos grupos distintos de CRC avanzado, uno con un fenotipo inmunitario activado y el otro con un microambiente inmunitario suprimido. El fenotipo de TIME activado contenía un aumento de las células Th1, las células dendríticas activadas, las estructuras linfoides terciarias y un mayor número de células T CD8+, mientras que el TIME inactivo o suprimido contenía un aumento de macrófagos enriquecidos con macrófagos M2 inmunosupresores. Nuestros hallazgos fueron respaldados por el análisis de datos de secuenciación de ARN de la base de datos TCGA CRC, en la que la proporción de células dendríticas inactivadas a activadas dentro del TIME del CRC se correlacionó con una menor probabilidad de supervivencia global (HR 1,66, p = 0,007).

Identificamos microambientes tumorales inmunológicos distintos en el cáncer colorrectal. Los cánceres que albergan un TIME activado se asocian con una mejor supervivencia. La identificación de los principales impulsores moleculares del TIME del CRC puede ofrecer oportunidades para mejorar la supervivencia de los pacientes.