La transcriptómica espacial basada en sondas personalizadas permite la detección del microbioma en tejido de cáncer colorrectal fijado en formalina e incluido en parafina (FFPE).

Las bacterias intratumorales han surgido como componentes funcionalmente relevantes del microambiente tumoral; sin embargo, la relación espacial entre estas comunidades bacterianas y la expresión génica del huésped sigue estando poco caracterizada, en parte debido a limitaciones metodológicas. Los enfoques de transcriptómica espacial existentes para la detección microbiana se basan en tejidos congelados, lo que excluye los especímenes de formalina-parafina (FFPE) que predominan en los archivos clínicos. Aquí, describimos una estrategia personalizada de diseño de sondas dirigida a las regiones variables del ARNr 16S bacteriano, compatible con la química basada en sondas de la plataforma 10X Genomics Visium CytAssist, lo que permite la elaboración de perfiles bacterianos resueltos espacialmente en tejidos FFPE. Aplicado a una cohorte piloto de seis especímenes de tumores de cáncer colorrectal FFPE y tejido normal adyacente, demostramos que la integración de sondas microbianas personalizadas en el flujo de trabajo de Visium preserva la estructura transcriptómica del huésped, y el análisis de agrupamiento reproduce la arquitectura esperada de los tipos de células del colon.

Se detectó señal bacteriana en todas las muestras de forma espacialmente organizada y focalizada, y una muestra de tumor exhibió una intensidad de señal marcadamente elevada y un patrón de distribución invasiva distinto, impulsado por señales espacialmente estructuradas de Bacteroides-Phocaeicola y Porphyromonas con trayectorias intratumorales divergentes.

Estos hallazgos establecen la viabilidad de la metatranscriptómica espacial basada en sondas en tejidos FFPE y proporcionan un marco generalizable para el estudio de las interacciones huésped-microbioma en muestras clínicas relevantes.