Descifrando nuevas conexiones transcripcionales en el cáncer colorrectal: un estudio bioinformático y experimental integrativo.

El cáncer colorrectal sigue siendo uno de los cánceres más letales en todo el mundo, y el programa proliferativo que lo sustenta ha demostrado ser un objetivo difícil de alcanzar, especialmente con una selectividad aceptable. En el presente estudio, combinamos el análisis transcriptómico por etapas con pruebas experimentales en células de cáncer colorrectal para investigar si las moléculas pequeñas, en particular la melatonina, actúan sobre dicho programa. La comparación de los tumores colorrectales de etapa II, III y IV con el tejido normal identificó 410 genes con expresión aumentada en cada etapa, que constituyen un conjunto central, dominado por funciones relacionadas con el ciclo celular, el ensamblaje del huso mitótico y la segregación de los cromosomas. Se extrajeron veinte genes clave de la red de interacción de proteínas correspondiente, de los cuales trece eran necesarios para la viabilidad en 59 líneas celulares de cáncer colorrectal en los datos de cribado CRISPR a nivel del genoma.

El análisis de enriquecimiento del conjunto de objetivos identificó a E2F4, FOXM1, SIN3A y ambas subunidades de unión al ADN de NF-Y como reguladores ascendentes. NF-YA y NF-YB se distinguieron en un aspecto: sus objetivos anotados incluyen BUB1 y CCNA2, pero excluyen NCAPG, lo que da lugar a una predicción que puede ser probada.

Nuestros resultados experimentales mostraron que la melatonina reduce la viabilidad de SW480 con una CI de 2,63 mM y disminuye la expresión de BUB1 y CCNA2 de diferentes maneras, en función de la concentración, mientras que NCAPG permanece sin cambios. El tratamiento con melatonina detiene las células en la fase G1, provoca una disminución drástica de la fracción de la fase S en ciclo, altera el fenotipo de migración y proliferación, y aumenta moderadamente la apoptosis. También descubrimos que la {beta}2-microglobulina no es un gen de referencia adecuado para la normalización en la investigación del CRC debido a los cambios que se producen tras el tratamiento. La represión selectiva de dos objetivos de NF-Y, con preservación de un objetivo no afectado, es consistente con una reducción de la transcripción dependiente de NF-Y, aunque la ocupación y la evidencia a nivel de subunidades deben establecerse.