Un análisis exhaustivo del paisaje proteómico espacial de las estructuras similares a folículos linfoides ectópicos en el cáncer colorrectal metastásico revela firmas específicas para predecir los resultados clínicos.

Anteriormente, generamos un atlas proteogenómico global a nivel general de cáncer colorrectal metastásico (CCRm) en una cohorte china (CCRC). Utilizando tejidos incluidos en parafina y fijados con formalina de esta cohorte, identificamos 2095 estructuras linfoides ectópicas (ELE) en 132 tumores primarios. Tanto los agregados linfoides (Aggs) como las estructuras linfoides terciarias (TLS) se asociaron significativamente con la metástasis y los resultados clínicos en el CCRm, y la heterogeneidad espacial y composicional de las ELE y su relevancia clínica siguen siendo desconocidas. Aquí, mejoramos nuestra plataforma LCM-MTA a la versión 2.0 para una proteómica espacial profunda y analizamos los paisajes proteómicos espaciales de casos emparejados de CCRm y casos no CCRm con características clínicas basales comparables.

Este análisis reveló una marcada heterogeneidad espacial en la expresión de proteínas, distinguiendo las ELE de las regiones parenquimatosas en los tejidos tumorales y pericancerosos emparejados. En particular, las TLS mostraron distintos estados funcionales: las TLS asociadas al CCRm mostraron un enriquecimiento de las vías de activación inmune antitumoral, mientras que las TLS no CCRm se enriquecieron en las vías de respuesta inflamatoria aguda. Basándonos en estos hallazgos, desarrollamos una firma de TLS de 13 proteínas y un sistema de puntuación para predecir la metástasis y el pronóstico en la cohorte CCRC, que se validó en dos cohortes CPTAC independientes. Presentamos un mapa proteómico espacial completo de las ELE en el CCRm y identificamos una firma basada en TLS con un gran potencial para predecir la metástasis y los resultados clínicos.