La transcriptómica espacial ha identificado que AIF1, LIF, MRC1 y TNC están sobreexpresados en las regiones de brotes tumorales (TB) del cáncer colorrectal. Investigamos si este módulo de genes asociado a TB podría detectarse en datos de transcriptómica masiva. Se analizó la coocurrencia por pares de genes en datos de RNA-seq masiva (TCGA-COADREAD, n=547) y RNA-seq de célula única (GSE178341, n=26.057 células) utilizando pruebas exactas de Fisher con corrección de Benjamini-Hochberg. En la RNA-seq masiva, los enriquecimientos por pares fueron débiles (de 1,16 a 2,72), y no se observó una asociación significativa entre AIF1 y LIF (FE=1,16, FDR=0,31).
En los datos de célula única, los mismos pares mostraron un enriquecimiento de 31 a 184,5 veces (todos los FDR < 8e-38). El recuento total de UMI no proporcionó evidencia de artefactos de dobletes que pudieran explicar estos patrones de codetección. Un análisis exploratorio de la interacción entre potenciadores y promotores en células HCT116 sugirió además que estos genes están regulados de manera diferente. GOT1 y MDH1, dos genes del transporte malato-aspartato, mostraron una menor expresión en las etapas tardías del CRC (FDR menor o igual a 0,010).
Un puntaje de riesgo derivado de datos masivos mostró una asociación modesta (Cox HR=1,21, p=0,021). En general, la coexpresión asociada a TB se detectó de manera más clara a nivel de célula única que a nivel masivo, lo que destaca la importancia de la resolución transcriptómica al estudiar las firmas de genes asociadas al microambiente tumoral.
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