La edición del ARN es una modificación postranscripcional generalizada que participa en la diversidad del transcriptoma y en la regulación de enfermedades.
Sin embargo, su cuantificación sigue siendo un desafío técnico. Presentamos OmniRE-seq, un marco dual que combina RE-seq para datos de secuenciación de ARN masivo y scRE-seq para datos de secuenciación de ARN de una sola célula, lo que permite la cuantificación a múltiples niveles, el análisis diferencial y la anotación funcional de la edición del ARN. Utilizando RE-seq, analizamos las alteraciones de la edición en diversos contextos, como la sepsis murina, el síndrome mielodisplásico, el melanoma tratado con fármacos y el cáncer colorrectal, lo que demuestra la utilidad de las métricas a nivel de locus, gen y carga para capturar diferencias biológicamente significativas. scRE-seq resuelve aún más los patrones de edición específicos de cada tipo celular mediante la agregación de células con una identidad compartida en unidades pseudo-masivas (Spots), lo que mejora la señal de edición al tiempo que se preserva la resolución celular en el cáncer colorrectal. El análisis integrado de datos masivos y de una sola célula identificó señales de edición convergentes y objetivos terapéuticos, como se ejemplifica en un modelo de ratón de atrofia tímica tratado con esporas de Ganoderma lucidum.
En conjunto, OmniRE-seq ofrece un conjunto de herramientas estandarizado y escalable para analizar los paisajes de edición del ARN en diferentes niveles de resolución, lo que promueve tanto el descubrimiento de mecanismos como la aplicación traslacional en la medicina de precisión.
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