Antecedentes: Las tecnologías de transcriptómica espacial miden la expresión génica a diferentes resoluciones espaciales y generan diversos resultados.
Los flujos de trabajo existentes admiten una variedad de plataformas y análisis, pero la combinación de métodos y la extensión de los análisis a poblaciones o regiones tisulares seleccionadas pueden requerir scripts adicionales y la repetición de la preparación de datos. Resultados: Desarrollamos Spatialsnake, un flujo de trabajo flexible basado en SpatialData y Snakemake para analizar los resultados procesados de Visium, Visium HD, Stereo-seq, Xenium y MERFISH. Una interfaz de línea de comandos común admite el análisis de una y varias muestras, con parámetros ajustables y resultados intermedios guardados. Los usuarios pueden seleccionar poblaciones, regiones tisulares o vecindarios basados en la distancia, repetir la agrupación y la anotación, y asignar las etiquetas refinadas al conjunto de datos completo. Los módulos adicionales admiten la estimación de la composición de tipos celulares, la identificación de dominios espaciales, la inferencia de la comunicación célula-célula, el análisis de regulones y las comparaciones a nivel de muestra.
Demostramos estas funciones utilizando conjuntos de datos de Visium de cerebro de ratón y Visium HD de cáncer colorrectal.
El análisis conjunto de tres secciones de cáncer colorrectal conservó 1.527.987 bins y permitió un análisis adicional de 223.632 bins epiteliales, vinculando las anotaciones de subpoblaciones epiteliales a sus ubicaciones dentro del tejido completo. Conclusiones: Spatialsnake proporciona un flujo de trabajo unificado para el análisis de transcriptómica espacial en plataformas basadas en secuenciación e imágenes. Sus módulos de análisis flexibles admiten tanto el análisis de todo el tejido como la investigación adicional de poblaciones y regiones tisulares seleccionadas.
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