La metástasis hepática es la principal causa de mortalidad en pacientes con cáncer colorrectal (CRC) y existe una necesidad urgente de biomarcadores para mejorar el diagnóstico y pronóstico del CRC.
Sin embargo, los mecanismos moleculares que impulsan la progresión metástasis permanecen incompletamente comprendidos, lo que hace necesario descubrir nuevos objetivos terapéuticos. Se emplearon conjuntos de datos GEO y algoritmos de aprendizaje automático (regresión Lasso, SVM y RF) para buscar genes upregulated en la metástasis hepática del CRC. Se construyeron redes de interacción proteína-proteína (PPI) utilizando STRING. Se realizaron secuenciación de ARN a nivel individual (scRNA-seq) y ATAC-seq para analizar la infiltración inmune y la accesibilidad cromatín en tejidos metastásicos.
Se llevó a cabo un análisis de riqueza funcional de datos RNA-seq para explorar las vías relacionadas con DAPK1. Finalmente, se utilizó la eliminación CRISPR/Cas9 de DAPK1 en células LoVo para validar su papel en la invasión y migración. En este estudio, identificamos a DAPK1 como un gen upregulated específico de metástasis en CRC. La secuenciación scRNA-seq de metástasis del CRC destacó una correlación significativa entre la expresión de DAPK1 e infiltración macrófaga.
Además, el análisis ATAC-seq demostró un aumento en la accesibilidad cromatín de DAPK1 en metástasis hepáticas del CRC. La eliminación CRISPR/Cas9 de DAPK1 en células LoVo suprimió significativamente su invasión y migración. Al combinar aprendizaje automático y enfoques bioinformáticos multi-ómicas, identificamos a DAPK1 como un nuevo biomarcador para metástasis hepáticas del CRC, lo que tiene implicaciones potenciales para el pronóstico y la terapéutica.
Estos hallazgos destacan a DAPK1 como un impulsor crítico de progresión metástasis y proporcionan una base teórica para el tratamiento del CRC.
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