Caracterización de la microbiota intestinal en pacientes con cáncer colorrectal de etapa III: Un estudio caso-control.

Para realizar un estudio de caso y control (estudio piloto) en África (Malí) comparando la microbiota intestinal de pacientes con cáncer colorrectal en etapa III (CRC) utilizando secuenciación de próxima generación. Se realizó secuenciación de metagenoma para caracterizar la microbiota fecal de los participantes usando la plataforma HiSeq de Illumina.

Este estudio de caso y control involucró pacientes con CRC recién diagnosticados (n = 23) antes del inicio de cualquier tratamiento, y controles sanos no relacionados (n = 24) para elucidar su diversidad microbiana y abundancia relativa. Los hallazgos revelaron que la microbiota intestinal en CRC y en salud eran significativamente distintas según el test PERMANOVA (R² = 0,132, P = 0,001), y la diversidad alfa fue significativamente menor en CRC. La diversidad beta, basada en el análisis de coordenadas principales, mostró una taxonomía distinta entre CRC y salud. Los niveles de Pseudomonadota, Escherichia, Citrobacter freundii, Klebsiella sp.

LTGPAF-6F, Escherichia albertii, Escherichia coli, Caudovirales, Apicomplexa, y Verrucomicrobiota fueron significativamente elevados en CRC. Las principales vías metabólicas con niveles de abundancia relativa más altos encontradas en CRC comparado con salud estuvieron relacionadas con HEMESYN2-PWY: biosíntesis del hemoglobina II (anaeróbica), PWY-5154: biosíntesis de L-arginina III (a través de N-acetil-L-citrulina), FUC-RHAMCAT-PWY: superruta de degradación de fucose y rhamnosa, ECASYN-PWY: biosíntesis del antígeno común enterobacteriano, ENTBACSYN-PWY: biosíntesis de entebactina, y AEROBACTINSYN-PWY: biosíntesis de aerobactina. Se observaron perfiles distintos de microbioma intestinal entre salud y CRC. En particular, los hallazgos mostraron una reducción significativa en la diversidad microbiana en CRC de etapa III.

Este estudio proporciona datos metagenómicos iniciales sobre pacientes malíes con CRC. Será utilizado para crear un mayor grupo de cohorte para comprender mejor la relación entre CRC y la microbiota intestinal en la población malí de CRC.