Desarrollamos un panel de secuenciación de nueva generación (NGS) dirigido por CancerMaster que abarca 524 genes clave, diseñado específicamente para el perfilado molecular multidimensional de tumores sólidos. Nuestro objetivo fue establecer CancerMaster como una plataforma automatizada de análisis paralelo y asíncrono, con un sistema de informes, para superar la demora de los enfoques de NGS existentes. Este panel puede detectar tipos comunes de alteraciones genómicas, incluidos los polimorfismos de un solo nucleótido/indel y las variantes del número de copias (CNV), las fusiones, la infección por el virus de Epstein-Barr/papilomavirus humano, la inestabilidad de microsatélites (MSI), el estado de la carga mutacional tumoral (TMB) y la tipificación del antígeno leucocitario humano. Utilizando materiales de referencia, CancerMaster demostró una reproducibilidad del 100%, una sensibilidad analítica del 99% y una alta precisión (94%).
El rendimiento analítico para otras clases de biomarcadores, incluidos los CNV, las fusiones, el MSI, el TMB y la detección de virus, se evaluó por separado. En una cohorte de 668 pacientes, identificamos mutaciones relevantes, incluidos TP53, KRAS y PIK3CA, y CNV, por ejemplo, la amplificación de ERBB2 en cánceres gástricos (n = 412) y colorrectales (n = 66). El MSI y el TMB estuvieron fuertemente correlacionados en todos los pacientes (n = 668, r = 0,75; p < 10-15), con resultados consistentes en los grupos de cáncer gástrico (n = 412, r = 0,75; p < 10-15) y colorrectal (n = 66, r = 0,87; p < 10-15).
Además, al comparar directamente con el panel TruSight Oncology 500 (TSO500), CancerMaster demostró una alta concordancia y, al mismo tiempo, identificó de forma única ciertas alteraciones clínicamente relevantes, incluida una mutación de sentido alterado de ERBB2.
Por lo tanto, el panel CancerMaster demostró un alto rendimiento analítico y un fuerte potencial clínico para respaldar las decisiones clínicas con respecto al tratamiento personalizado del cáncer.
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