La detección frecuente de mutaciones en KRAS-G12C y PIK3CA-Q546K en tumores MAP pone de relieve su papel en la reclasificación de variantes MUTYH de significado incierto.

La poliposis asociada a MUTYH (MAP) es una condición autosómica recesiva con una prevalencia estimada de 1:20.000-60.000 que predispone a los individuos a adenomas colorrectales y confiere un alto riesgo de cáncer colorrectal (CCR) [^[1], ^[2]]. Está causada por variantes patógenas germinales bialélicas (VPG) en el gen MUTYH, que participa en la vía de reparación por escisión de bases mediante la eliminación de adeninas mal apareadas con 8-oxo-guaninas [^[3]]. Cuando MUTYH está inactivo, se acumulan transversiones G:C > T:A, afectando a varios genes relacionados con el CCR, como KRAS, APC, PIK3CA y SMAD4 [^[4], ^[5]]. Estas transversiones conducen a patrones de mutación característicos conocidos como firmas de sustitución de una sola base (SBS). En los tumores MAP, SBS18 y SBS36 son las más prevalentes, caracterizadas por un exceso de sustituciones C > A, lo que refleja el daño oxidativo y la reparación defectuosa de bases mediada por MUTYH [^[6]].

En KRAS, las transversiones G:C > T:A generan la mutación somática c.34G > T p.G12C, que es poco frecuente (80%) en los tumores MAP. Se observa un patrón similar para PIK3CA c.1636C > A p.Q546K, que se informa en menos del 1% de los casos esporádicos y en >20% de los tumores MAP [^[4], ^[7]–^[9]]. Recientemente, Georgeson et al. [^[9]] propusieron el uso de KRAS-G12C y PIK3CA-Q546K como biomarcadores de apoyo para la clasificación de variantes de MUTYH, dada su alta frecuencia en pacientes con MAP (84% en MAP frente al 2,4% en pacientes MUTYH-negativos para KRAS-G12C; 37% en MAP frente al 0,7% en pacientes MUTYH-negativos para PIK3CA-Q546K) y su asociación con las firmas de mutación SBS18 y SBS36.

Las variantes germinales en los genes relacionados con el cáncer hereditario se clasifican según las directrices del American College of Medical Genetics and Genomics y la Association for Molecular Pathology (ACMG/AMP) [^[10]], así como las recomendaciones del Clinical Genome Resource (ClinGen) [^[11]] y la base de datos de variantes de genes de predisposición al cáncer (CanVar-UK) (https://canvaruk.org—último acceso: 20-09-2025). Las variantes de significado incierto (VMI) carecen de evidencia suficiente para clasificarse como patógenas o benignas, y por lo tanto no tienen una relevancia clínica definida. Se han propuesto características fenotípicas tumorales como evidencia de apoyo para la patogenicidad [^[12]]. En consecuencia, la presencia de KRAS-G12C y PIK3CA-Q546K en tumores de individuos sospechosos de tener MAP puede cumplir con el criterio PP4 de ACMG/AMP [^[10]].

Aquí, presentamos la frecuencia de las mutaciones somáticas KRAS-G12C y PIK3CA-Q546K en adenomas y adenocarcinomas de individuos previamente diagnosticados con MAP. La alta prevalencia de estos biomarcadores en los tumores de CCR MAP apoya su utilidad potencial para reclasificar las VMI en MUTYH. Además, aplicamos este enfoque a tres casos sospechosos de MAP, lo que condujo a la propuesta de reclasificación de dos VMI como probablemente patógenas.

2. Metodología

2.1. Cohorte de estudio

Se seleccionaron pacientes mayores de 18 años con CCR o poliposis y una VMI previamente identificada en el gen MUTYH, ya sea en homocigosis o en heterocigosis compuesta con una VPG, de una cohorte de más de 3200 pacientes que se sometieron a pruebas genéticas para síndromes de predisposición hereditaria al cáncer en el Centro Oncológico A.C. Camargo (ACC), y de cohortes de pruebas clínicas del Instituto del Cáncer de Ceará y el Hospital Erasto Gaertner en Brasil. Además, se incluyeron pacientes mayores de 18 años previamente diagnosticados con MAP en el ACC como grupo de control positivo. Se recuperaron muestras de tejido de adenoma y/o adenocarcinoma fijadas en formalina e incluidas en parafina (FFPE) del Departamento de Patología. Todos los participantes habían dado su consentimiento informado, ya sea a través del Biobanco institucional o mediante formularios de consentimiento específicos del estudio. Los datos clínicos e histopatológicos se obtuvieron mediante la revisión de los registros médicos electrónicos y se registraron en la base de datos REDCap. Este estudio fue aprobado por los comités de ética locales (CAAE 53067621.3.0000.5432). El grupo de control negativo (pacientes sin VPG en MUTYH) se obtuvo de la literatura [^[9], ^[13]] (Figura 1).

2.2. Extracción de ADN

El ADN se extrajo de FFPE en el Biobanco del ACC siguiendo protocolos operativos estándar establecidos. La integridad del ADN se evaluó con el equipo TapeStation (Agilent) y la concentración de ADN se determinó utilizando el equipo Qubit y el kit de ensayo QUANT-IT DNA HS (Life Technologies).

2.3. PCR múltiple y secuenciación de amplicones

Se realizó un cribado dirigido de las mutaciones somáticas KRAS-G12C y PIK3CA-Q546K utilizando un enfoque de secuenciación de próxima generación (NGS) basado en amplicones múltiples. Los cebadores dirigidos a estas regiones se diseñaron con el software Primer 3 (Tabla S1). Las reacciones de PCR múltiple se llevaron a cabo con el kit Qiagen Multiplex PCR, utilizando 20 ng de ADN tumoral. El protocolo de amplificación incluyó un paso de desnaturalización inicial a 95 °C durante 5 minutos, seguido de 40 ciclos de 30 segundos a 95 °C (desnaturalización), 90 segundos a 60 °C (hibridación) y 30 segundos a 72 °C (extensión). Finalmente, se llevó a cabo un paso de extensión de 10 minutos a 68 °C. La amplificación se confirmó mediante electroforesis en gel de agarosa, y los productos de PCR se utilizaron para la preparación de la biblioteca de amplicones con el kit Ion Plus Fragment Library (Thermo Fisher). Las bibliotecas se secuenciaron en la plataforma Ion S5 (Thermo Fisher) de acuerdo con las instrucciones del fabricante. Las lecturas de secuenciación se analizaron utilizando el software Torrent Suite y Variant Caller (Thermo Fisher), y se alinearon con el genoma de referencia GRCh37/Hg19. Las mutaciones somáticas se revisaron utilizando el Integrative Genomics Viewer Version 2.19.1 (IGV) y se consideraron positivas cuando estuvieron presentes en ≥ 3% del total de lecturas.

2.4. Reclasificación de VMI

Las VMI en el gen MUTYH se reclasificaron de acuerdo con las directrices y actualizaciones de clasificación de variantes ACMG/AMP y ClinGen. En función de los criterios cumplidos, las variantes se reclasificaron como patógenas, probablemente patógenas, benignas o probablemente benignas. Cuando se detectaron mutaciones somáticas KRAS-G12C y/o PIK3CA-Q546K, se aplicó el criterio PP4 [^[10]]. Las variantes con evidencia de apoyo insuficiente permanecieron clasificadas como VMI. Todas las variantes de MUTYH se anotaron utilizando el transcrito NM_001128425.2.

2.5. Análisis estadístico

Se utilizaron estadísticas inferenciales para calcular la sensibilidad, la especificidad, la precisión, el valor predictivo positivo (VPP), la razón de verosimilitud positiva (RV+) y la razón de verosimilitud negativa (RV-) de KRAS-G12C y PIK3CA-Q546K para indicar portadores bialélicos de MUTYH. La prueba exacta de Fisher evaluó la asociación para datos categóricos. Se consideró que un valor p de dos colas inferior a 0,05 era estadísticamente significativo.

3. Resultados

3.1. Evaluación de las mutaciones somáticas KRAS-G12C y PIK3CA-Q546K en adenomas y adenocarcinomas de MAP

Se investigaron las mutaciones KRAS-G12C y PIK3CA-Q546K en 17 adenomas y 13 adenocarcinomas de 16 pacientes con MAP en el grupo de control positivo (Tabla S2). Doce pacientes (75%) dieron positivo para KRAS-G12C, y cinco (31,2%) dieron positivo para PIK3CA-Q546K. Un paciente presentaba otra mutación patógena en PIK3CA (c.1638G > T p.Q546H). Cuando se estratificó por tipo de tejido, se encontró KRAS-G12C en 8/17 adenomas (47%) y en 12/13 adenocarcinomas (92,3%), mientras que PIK3CA-Q546K se detectó solo en adenocarcinomas (5/13, 38,4%). En comparación, los datos de la literatura informaron una frecuencia del 7,4% en adenomas y del 2,4% en CCRs para KRAS-G12C, y del 0,7% en CCRs para PIK3CA-Q546K (Tabla 1) en pacientes MUTYH-negativos [^[9], ^[13]].

La detección de KRAS-G12C en los CRCs MAP fue significativamente mayor en comparación con los CRCs MUTYH-negativos (p = 0.0001), con alta sensibilidad (92.3%), especificidad (97.6%), precisión (97.6%) y un LR+ de 38.99. Se observó un rendimiento similar al considerar la presencia de KRAS-G12C y/o PIK3CA-Q546K (100%, 97%, 97% y 33.11, respectivamente) (p = 0.0001). Las pruebas solo para PIK3CA-Q546K en adenocarcinomas y KRAS-G12C en adenomas mostraron una sensibilidad limitada (38.4% y 47%, respectivamente), a pesar de estar significativamente asociadas con MAP (p = 0.0001 y 0.0071, respectivamente). No se calcularon la sensibilidad, la especificidad y la precisión para PIK3CA-Q546K en adenomas, ya que esta mutación no se detectó en ninguno de los grupos de control MAP o MUTYH-negativos (Tabla 2).

3.2. Reclasificación de las variantes de significado incierto (VUS) en MUTYH

3.2.1. Caso 1

Una mujer de 32 años fue remitida a un gastroenterólogo después de referir hematochezia. La colonoscopia reveló la presencia de pólipos pediculados (descritos en el informe clínico como "más de uno") y un pólipo sésil en la unión rectosigmoidea, así como una lesión vegetativa e infiltrante en el recto distal, que posteriormente se identificó como un adenocarcinoma invasivo pobremente diferenciado. Un año después, se diagnosticó a la paciente un angiomiolipoma renal. Refirió antecedentes familiares de cáncer en su lado paterno, incluyendo un bisabuelo diagnosticado con CRC a una edad superior a los 60 años y una abuela con cáncer de hígado a los 40 años (Figura 2A). El análisis de inmunohistoquímica mostró una expresión preservada de las proteínas de reparación de errores de emparejamiento.

Un panel de secuenciación de múltiples genes germinales (62 genes) identificó dos variantes MUTYH: c.536A > G p.Tyr179Cys, heterocigota, clasificada como patógena (ID de variación de ClinVar: 5293), y c.902C > G p.Pro301Arg, heterocigota, clasificada como VUS. Esta última variante está ausente en gnomAD [^[14]] y ABraOm (una base de datos poblacional brasileña que contiene datos de exoma de 1171 individuos sanos) [^[15]] y no se ha notificado en ClinVar ni en la literatura. Se confirmó que la fase era en trans mediante PCR específica de alelos [^[16]].

El análisis somático del tejido de adenocarcinoma reveló KRAS-G12C (VAF: 9%) y PIK3CA-Q546K (VAF: 8%). Basándose en la revisión de los criterios de ACMG, se aplicaron PM2supp (ausencia en las bases de datos de la población), PP3strong (múltiples líneas de evidencia computacional que respaldan un efecto deletéreo sobre el gen: puntuación REVEL: 0.96 [^[17]]) y PM3 (para trastornos recesivos, detectado en trans con una variante patógena). Además, la detección de KRAS-G12C y PIK3CA-Q546K respaldó la aplicación del criterio PP4 y condujo a la reclasificación de la variante p.Pro301Arg como probablemente patógena.

3.2.2. Caso 2

Una paciente, nacida de padres consanguíneos, se sometió a una proctocolectomía total debido a antecedentes personales de poliposis y dos CRCs metacrónicos diagnosticados a las edades de 56 y 64 años. Tres hermanos también fueron diagnosticados con CRC a los 49 (III.7), 50 (III.6) y 59 (III.3) años (Figura 2B). Otra hermana (III.5) tenía poliposis y cáncer de vesícula biliar a los 56 años. Los antecedentes familiares adicionales incluían familiares maternos (una tía con CRC a los 70 años y un abuelo con cáncer de próstata a una edad superior a los 60 años) y familiares paternos (dos tías diagnosticadas con cáncer, una con cáncer de hígado a los 60 años y la otra con cáncer de páncreas a los 51 años) (Figura 2B).

Un panel de múltiples genes (31 genes) del caso índice identificó una variante homocigota en MUTYH (c.337 T > C p.Trp113Arg) clasificada como VUS por tres envíos independientes de ClinVar (ID: 533303). Esta variante se había notificado previamente en dos pacientes compuestos heterocigotos que presentaban la variante patógena p.Tyr179Cys: uno diagnosticado con poliposis y CRC a los 36 años y otro con poliposis [^[18]]. El análisis somático reveló la mutación KRAS-G12C en un adenoma (VAF: 9%) y tanto KRAS-G12C (VAF: 25%) como PIK3CA-Q546K (VAF: 12%) en un adenocarcinoma. Posteriormente al análisis somático, se realizó una secuenciación dirigida para la variante MUTYH en las tres hermanas diagnosticadas con CRC o poliposis (III.5, III.6 y III.7), y en las tres se identificó que eran homocigotas para la variante.

Esta variante está ausente de las bases de datos gnomAD y ABraOm (PM2supp), demuestra un efecto deletéreo moderado in silico (puntuación REVEL: 0.82—PP3moderate), se detectó en un estado homocigoto (PM3supp), se asocia con la enfermedad (PP1strong) [^[19]] y se asoció con KRAS-G12C y PIK3CA-Q546K (PP4). En conjunto, la evidencia apoya la reclasificación de p.Trp113Arg como probablemente patógena.

3.2.3. Caso 3

Una mujer de 46 años solicitó asesoramiento genético debido a pólipos detectados en colonoscopias recientes y antecedentes familiares de CRC. Su padre fue diagnosticado con CRC y falleció a los 56 años, mientras que su madre se sometió a una colectomía derecha a los 57 años y posteriormente desarrolló múltiples pólipos. El caso índice tuvo tres colonoscopias previas, que revelaron un total de cinco pólipos (5-12 mm). No se notificaron otros casos de cáncer en el lado paterno. En el lado materno, una tía se sometió a una colectomía total a los 57 años debido a CRC y poliposis (> 10 pólipos), y su abuelo materno falleció a los cincuenta años a causa de un cáncer de hígado. Dos hermanos menores, en seguimiento, presentaban una carga de pólipos de siete y tres, respectivamente (Figura 2C).

Un panel de múltiples genes de NGS identificó dos variantes heterocigotas MUTYH: c.734G > A p.Arg245His (patógena, ID de ClinVar: 140877) y c.1349A > T p.Lys450Met (VUS, ID de ClinVar: 1041681). La variante p.Lys450Met está ausente de las bases de datos de la población (PM2supp) y se había observado previamente en un paciente con poliposis en trans con una variante patógena (PM3). REVEL predijo un efecto moderadamente deletéreo (puntuación = 0.81—PP3moderate). La madre del caso índice fue diagnosticada posteriormente con MAP como heterocigota compuesta para dos variantes patógenas (p.Arg245His y c.1187G > A p.Gly396Asp), y sus hermanos eran heterocigotos para p.Gly396Asp.

El análisis somático de dos adenomas de bajo grado del caso índice reveló KRAS-G12V en una muestra, y ambos adenomas fueron negativos para KRAS-G12C y PIK3CA-Q546K. Basándose en los hallazgos combinados, no se apoyó la reclasificación de p.Lys450Met, y la variante sigue clasificada como VUS.

3.1. Evaluación de las mutaciones somáticas KRAS-G12C y PIK3CA-Q546K en adenomas y adenocarcinomas MAP

Se investigaron las mutaciones KRAS-G12C y PIK3CA-Q546K en 17 adenomas y 13 adenocarcinomas de 16 pacientes MAP en el grupo de control positivo (Tabla S2). Doce pacientes (75%) dieron positivo para KRAS-G12C y cinco (31.2%) dieron positivo para PIK3CA-Q546K. Un paciente presentaba otra mutación patógena en PIK3CA (c.1638G > T p.Q546H). Al estratificar por tipo de tejido, se encontró KRAS-G12C en 8/17 adenomas (47%) y en 12/13 adenocarcinomas (92.3%), mientras que PIK3CA-Q546K solo se detectó en adenocarcinomas (5/13, 38.4%). En comparación, los datos de la literatura informaron de una frecuencia del 7.4% en adenomas y del 2.4% en CRCs para KRAS-G12C, y del 0.7% en CRCs para PIK3CA-Q546K (Tabla 1) en pacientes MUTYH-negativos [^[9], ^[13]].

La detección de KRAS-G12C en los CRCs MAP fue significativamente mayor en comparación con los CRCs MUTYH-negativos (p = 0.0001), con alta sensibilidad (92.3%), especificidad (97.6%), precisión (97.6%) y un LR+ de 38.99. Se observó un rendimiento similar al considerar la presencia de KRAS-G12C y/o PIK3CA-Q546K (100%, 97%, 97% y 33.11, respectivamente) (p = 0.0001). Las pruebas solo para PIK3CA-Q546K en adenocarcinomas y KRAS-G12C en adenomas mostraron una sensibilidad limitada (38.4% y 47%, respectivamente), a pesar de estar significativamente asociadas con MAP (p = 0.0001 y 0.0071, respectivamente). No se calcularon la sensibilidad, la especificidad y la precisión para PIK3CA-Q546K en adenomas, ya que esta mutación no se detectó en ninguno de los grupos de control MAP o MUTYH-negativos (Tabla 2).

Una mujer de 46 años solicitó asesoramiento genético debido a pólipos detectados en colonoscopias recientes y antecedentes familiares de CCRC. Su padre fue diagnosticado con CCRC y falleció a los 56 años, mientras que su madre se sometió a una colectomía derecha a los 57 años y posteriormente desarrolló múltiples pólipos. La paciente presentaba antecedentes de tres colonoscopias previas, que revelaron un total de cinco pólipos (5–12 mm). No se informaron casos adicionales de cáncer en el lado paterno. En el lado materno, una tía se sometió a una colectomía total a los 57 años debido a CCRC y poliposis (> 10 pólipos), y su abuelo materno falleció a los cincuenta años a causa de un cáncer de hígado. Dos hermanos menores, bajo vigilancia, presentaban una carga de pólipos de siete y tres, respectivamente (Figura 2C).

Un panel multigenético NGS identificó dos variantes heterocigotas de MUTYH: c.734G > A p.Arg245His (patógena, ID de ClinVar: 140877) y c.1349A > T p.Lys450Met (VUS, ID de ClinVar: 1041681). La variante p.Lys450Met está ausente de las bases de datos de la población (PM2supp) y se había observado previamente en un paciente con poliposis en trans con una variante patógena (PM3). REVEL predijo un efecto moderadamente perjudicial (puntuación = 0,81—PP3moderate). Posteriormente, se diagnosticó a la madre de la paciente MAP como heterocigota compuesta para dos variantes patógenas (p.Arg245His y c.1187G > A p.Gly396Asp), y sus hermanos eran heterocigotos para p.Gly396Asp.

El análisis somático de dos adenomas de bajo grado de la paciente reveló KRAS-G12V en una muestra, y ambos adenomas resultaron negativos para KRAS-G12C y PIK3CA-Q546K. Con base en los hallazgos combinados, no se apoyó la reclasificación de la variante p.Lys450Met, y la variante permanece clasificada como VUS.

3.2.1. Caso 1

Una mujer de 32 años fue remitida a un gastroenterólogo después de informar sobre hematochezia. La colonoscopia reveló la presencia de pólipos pedunculados (descritos en el informe clínico como "más de uno") y un pólipo sésil en la unión rectosigmoidea, así como una lesión vegetativa e infiltrativa en el recto distal, que posteriormente se identificó como un adenocarcinoma invasor poco diferenciado. Un año después, a la paciente se le diagnosticó un angiomiolipoma renal. Informó sobre antecedentes familiares de cáncer en el lado paterno, incluido un bisabuelo diagnosticado con CCRC a una edad superior a los 60 años y una abuela con cáncer de hígado a los 40 años (Figura 2A). El análisis de inmunohistoquímica mostró una expresión preservada de las proteínas de reparación de desajustes.

Un panel multigenético NGS de la línea germinal (62 genes) identificó dos variantes de MUTYH: c.536A > G p.Tyr179Cys, heterocigota, clasificada como patógena (ID de variación de ClinVar: 5293), y c.902C > G p.Pro301Arg, heterocigota, clasificada como VUS. La última variante está ausente en gnomAD [^[14]] y ABraOm (una base de datos poblacional brasileña que contiene datos de exoma de 1171 individuos sanos) [^[15]] y no se ha informado en ClinVar ni en la literatura. Se confirmó que la fase era en trans mediante PCR específica de alelos [^[16]].

El análisis somático del tejido de adenocarcinoma reveló KRAS-G12C (VAF: 9%) y PIK3CA-Q546K (VAF: 8%). Con base en la revisión de los criterios ACMG, se aplicaron PM2supp (ausencia en las bases de datos de la población), PP3strong (múltiples líneas de evidencia computacional que respaldan un efecto perjudicial sobre el gen: puntuación REVEL: 0,96 [^[17]]) y PM3 (para trastornos recesivos, detectado en trans con una variante patógena). Además, la detección de KRAS-G12C y PIK3CA-Q546K respaldó la aplicación del criterio PP4 y condujo a la reclasificación de la variante p.Pro301Arg como probablemente patógena.

3.2.2. Caso 2

Una paciente, nacida de padres consanguíneos, se sometió a una proctocolectomía total debido a antecedentes personales de poliposis y dos CCRC metacrónicos diagnosticados a las edades de 56 y 64 años. Tres hermanos también fueron diagnosticados con CCRC a los 49 (III.7), 50 (III.6) y 59 (III.3) años (Figura 2B). Otra hermana (III.5) tenía poliposis y cáncer de vesícula biliar a los 56 años. Los antecedentes familiares adicionales incluían familiares maternos (una tía con CCRC a los 70 años y un abuelo con cáncer de próstata a una edad superior a los 60 años) y familiares paternos (dos tías diagnosticadas con cáncer, una con cáncer de hígado a los 60 años y la otra con cáncer de páncreas a los 51 años) (Figura 2B).

Un panel multigenético (31 genes) de la paciente identificó una variante homocigota en MUTYH (c.337 T > C p.Trp113Arg) clasificada como VUS por tres envíos independientes de ClinVar (ID: 533303). Esta variante se informó previamente en dos pacientes heterocigotos compuestos que presentaban la variante patógena p.Tyr179Cys: uno diagnosticado con poliposis y CCRC a los 36 años y otro con poliposis [^[18]]. El análisis somático reveló la mutación KRAS-G12C en un adenoma (VAF: 9%) y tanto KRAS-G12C (VAF: 25%) como PIK3CA-Q546K (VAF: 12%) en un adenocarcinoma. Posteriormente al análisis somático, se realizó una secuenciación dirigida para la variante MUTYH para las tres hermanas diagnosticadas con CCRC o poliposis (III.5, III.6 y III.7), y se identificó que las tres eran homocigotas para la variante.

Esta variante está ausente de las bases de datos gnomAD y ABraOm (PM2supp), demuestra un efecto perjudicial moderado in silico (puntuación REVEL: 0,82—PP3moderate), se detectó en un estado homocigoto (PM3supp), se asocia con la enfermedad (PP1strong) [^[19]] y se asoció con KRAS-G12C y PIK3CA-Q546K (PP4). En conjunto, la evidencia respalda la reclasificación de p.Trp113Arg como probablemente patógena.

3.2.3. Caso 3

Una mujer de 46 años solicitó asesoramiento genético debido a pólipos detectados en colonoscopias recientes y antecedentes familiares de CCRC. Su padre fue diagnosticado con CCRC y falleció a los 56 años, mientras que su madre se sometió a una colectomía derecha a los 57 años y posteriormente desarrolló múltiples pólipos. La paciente presentaba antecedentes de tres colonoscopias previas, que revelaron un total de cinco pólipos (5–12 mm). No se informaron casos adicionales de cáncer en el lado paterno. En el lado materno, una tía se sometió a una colectomía total a los 57 años debido a CCRC y poliposis (> 10 pólipos), y su abuelo materno falleció a los cincuenta años a causa de un cáncer de hígado. Dos hermanos menores, bajo vigilancia, presentaban una carga de pólipos de siete y tres, respectivamente (Figura 2C).

Un panel multigenético NGS identificó dos variantes heterocigotas de MUTYH: c.734G > A p.Arg245His (patógena, ID de ClinVar: 140877) y c.1349A > T p.Lys450Met (VUS, ID de ClinVar: 1041681). La variante p.Lys450Met está ausente de las bases de datos de la población (PM2supp) y se había observado previamente en un paciente con poliposis en trans con una variante patógena (PM3). REVEL predijo un efecto moderadamente perjudicial (puntuación = 0,81—PP3moderate). Posteriormente, se diagnosticó a la madre de la paciente MAP como heterocigota compuesta para dos variantes patógenas (p.Arg245His y c.1187G > A p.Gly396Asp), y sus hermanos eran heterocigotos para p.Gly396Asp.

El análisis somático de dos adenomas de bajo grado de la paciente reveló KRAS-G12V en una muestra, y ambos adenomas resultaron negativos para KRAS-G12C y PIK3CA-Q546K. Con base en los hallazgos combinados, no se apoyó la reclasificación de la variante p.Lys450Met, y la variante permanece clasificada como VUS.

4. Discusión

Hasta donde sabemos, este es el primer estudio que evalúa la utilidad combinada de las mutaciones somáticas KRAS-G12C y PIK3CA-Q546K para reclasificar las VUS en el gen MUTYH. También es el segundo que investiga específicamente la relación entre la mutación PIK3CA-Q546K y MAP, destacando su alta frecuencia en adenocarcinomas (38,4%; p = 0,00001) y ausencia en adenomas.

La alta frecuencia de KRAS-G12C en tumores de MAP se ha informado de manera consistente desde que Lipton et al. [^[20]] describieron por primera vez esta mutación en el 64% de los adenocarcinomas y el 43% de los adenomas en pacientes con MAP. Los estudios posteriores que utilizaron tecnologías de secuenciación avanzadas informaron tasas de detección aún más altas, que alcanzaron el 70,5%–89% y el 66,7%, respectivamente [^[4], ^[7], ^[9], ^[13]]. Nuestros hallazgos mostraron KRAS-G12C en el 47% de los adenomas y el 92,3% de los CCRC de pacientes con MAP, lo que es consistente con la literatura y lo esperado, ya que las mutaciones de KRAS surgen comúnmente durante la transición de un adenoma en etapa temprana a etapas más avanzadas [^[21]].

Por el contrario, PIK3CA-Q546K se asoció recientemente con MAP por Georgeson et al. [^[9]], quienes informaron su enriquecimiento en CCRC (37%) en comparación con el 0,7% en casos de CCRC no MAP. Los estudios previos detectaron esta mutación en el 0%–7,7% de los adenomas y el 20%–23,5% de los adenocarcinomas de MAP, lo que respalda la hipótesis de que surge más tarde en la progresión del CCRC [^[4], ^[7], ^[13], ^[22]]. En nuestro estudio, la prueba de KRAS-G12C solo o de ambos puntos calientes en adenocarcinomas proporcionó una alta sensibilidad (> 92%), especificidad (> 96%) y precisión (> 97%) para identificar a los pacientes con MAP, con un fuerte LR+ (> 33).

Al aplicar este enfoque a tres individuos con antecedentes familiares de CCRC y poliposis, reclasificamos dos VUS (p.Pro301Arg y p.Trp113Arg) como probablemente patógenas, en individuos con CCRC. Para el tercer caso, con la variante p.Lys450Met, la evidencia fue insuficiente para respaldar la reclasificación, y se justifica una mayor investigación de esta VUS. Esta variante se encuentra en el dominio de la hidrolasa Nudix, que es esencial para la función catalítica de MUTYH [^[23]], sin embargo, no aplicamos el criterio PM1 ya que requiere una curación experta y datos de laboratorio de respaldo para determinar las regiones intolerantes [^[24]].

Aunque nuestros hallazgos, junto con la evidencia previa [^[9], ^[13], ^[25]], respaldan el uso de KRAS-G12C y PIK3CA-Q546K como biomarcadores somáticos en MAP, se deben reconocer ciertas limitaciones. Primero, el Panel de expertos de ClinGen InSiGHT para el cáncer colorrectal hereditario/poliposis para MUTYH aún no se ha publicado oficialmente, como lo ha hecho para APC, por ejemplo [^[26]]. Por lo tanto, el peso relativo de los criterios ACMG/AMP específicos aplicados aquí en la reclasificación de las VUS de MUTYH aún puede ser provisional. En segundo lugar, nuestro estudio se basó en datos de la literatura para el grupo de control negativo, en lugar de analizar una cohorte de control coincidente dedicada de pacientes MUTYH-negativos. En tercer lugar, entre los 17 adenomas analizados, solo uno se clasificó como de alto grado; en consecuencia, la frecuencia real de KRAS-G12C y PIK3CA-Q546K en este tipo de tejido puede ser mayor en lesiones más avanzadas.

Por último, aunque el VPP para la detección de MAP con cualquiera de los biomarcadores fue modesto (9,06%), esta métrica se ve inherentemente influenciada por la prevalencia de la enfermedad. Dada la rareza de MAP, la aplicación de estos marcadores a poblaciones de CCRC no seleccionadas produce un VPP más bajo. Sin embargo, la evaluación de múltiples lesiones, particularmente adenomas de alto grado en combinación con adenocarcinomas, y la evaluación de transiciones somáticas G > T adicionales en genes como APC pueden mejorar el valor predictivo. Es importante destacar que el alto LR+ (LR+ > 33) y el LR- nulo observados en nuestra cohorte indican que la detección de estos puntos calientes aumenta significativamente la probabilidad posterior a la prueba de MAP y proporciona un poder discriminatorio sustancial en los casos sospechosos clínicamente.

Las variantes de significado incierto (VUS) siguen siendo un problema frecuente y complejo en la práctica clínica, especialmente cuando se identifican en genes que se relacionan con el fenotipo del paciente o de su familia. Las firmas de mutación tumoral han demostrado ser útiles para la reclasificación de VUS en otros síndromes de cáncer hereditario, como el cáncer de mama y ovario hereditario y la deficiencia constitucional del sistema de reparación de errores de emparejamiento [^[12]]. Aunque las firmas de mutación tumoral también han demostrado una alta eficacia en la identificación de tumores con deficiencia de BER y síndromes de CRC hereditario [^[9], ^[13]], su implementación suele requerir secuenciación del exoma completo o del genoma completo, recursos que siguen siendo demasiado costosos en muchos países de ingresos bajos y medios [^[27], ^[28]]. Por lo tanto, son esenciales biomarcadores rentables para mejorar el diagnóstico de la poliposis asociada a MUTYH (MAP), ya que su fenotipo variable y su herencia recesiva a menudo conducen a un diagnóstico erróneo [^[5], ^[25]]. En este contexto, las características tumorales ya se están aplicando en marcos de interpretación de variantes. Por ejemplo, el grupo InSiGHT considera la inestabilidad de microsatélites y la pérdida de la expresión de las proteínas de reparación de errores de emparejamiento en el CRC y los cánceres de endometrio como evidencia de apoyo para la reclasificación de VUS en los genes relacionados con el síndrome de Lynch MLH1, MSH2, MSH6 y PMS2. De manera similar, dado que KRAS y PIK3CA se analizan de forma rutinaria en paneles de NGS pequeños con fines pronósticos y predictivos en el CRC, especialmente en pacientes con enfermedad metastásica [^[29], ^[30]], su amplia disponibilidad y bajo costo los convierten en herramientas prácticas para ayudar a la identificación de casos de MAP y para apoyar la reclasificación de VUS de MUTYH en la práctica clínica.

5. Conclusión

Este estudio demuestra la alta prevalencia de mutaciones somáticas KRAS-G12C y PIK3CA-Q546K en adenocarcinomas de pacientes con MAP. La detección de cualquiera de estas mutaciones en tumores colorrectales mostró una alta sensibilidad para la identificación de casos de MAP y apoya su uso como biomarcadores accesibles y rentables. Es importante destacar que estos hallazgos permitieron la reclasificación de dos VUS de MUTYH (p.Pro301Arg y p.Trp113Arg) como probablemente patógenas, lo que subraya la utilidad clínica de incorporar las características somáticas tumorales en los marcos de interpretación de VUS en casos sospechosos de MAP.

Contribuciones de los autores

Conceptualización: G.T.T.; análisis formal: A.B.D.M. y G.T.T.; metodología: A.B.D.M.; investigación: A.B.D.M. y G.T.T.; adquisición de financiación: D.M.C. y G.T.T.; supervisión: G.T.T.; recursos: V.N.K., F.G.K.V.N., C.G.P.-A., G.O.S., J.C.C.R., S.A.J., D.M.C. y G.T.T.; redacción: borrador original: A.B.D.M., V.N.K., F.G.K.V.N. y G.T.T.; revisión y edición: A.B.D.M., V.N.K., F.G.K.V.N., C.G.P.-A., G.O.S., J.C.C.R., S.A.J., D.M.C. y G.T.T.

Financiación

Este estudio fue apoyado por el Grupo Colaborativo de las Américas sobre Cáncer Gastrointestinal Hereditario (2022 CGA-IGC Research Grant); Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (10.13039/501100001807, 2014/50943-1 2022/05162-8 2023/01303-9); Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (10.13039/501100003593, 465682/2014-6); Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (10.13039/501100002322, 88887.136405/2017-00).

Declaración

Todos los autores tuvieron acceso a los datos del estudio y revisaron y aprobaron el manuscrito final.

Conflictos de intereses

Los autores declaran no tener conflictos de intereses.