Evaluación de un ensayo de PCR digital de gotas para la detección de inestabilidad de microsatélites en cáncer colorrectal, cáncer gástrico y cáncer endometrial.

Antecedentes: La inestabilidad de microsatélites (MSI) es un biomarcador importante para el diagnóstico del síndrome de Lynch y para guiar la inmunoterapia en diversos tumores sólidos. La PCR digital por gotas (ddPCR) ha surgido como un método altamente sensible para detectar la MSI, particularmente en el ADN tumoral circulante (ctDNA).

El objetivo de este estudio fue evaluar el rendimiento analítico y clínico de un ensayo de ddPCR que utiliza tres marcadores de MSI (BAT-26, ACVR2A y DEFB105A/B) en cánceres colorrectales, gástricos y endometriales. Métodos: Se analizaron muestras fijadas en formalina e incluidas en parafina (FFPE) de 190 pacientes (83 cánceres colorrectales, 44 cánceres gástricos y 63 cánceres endometriales) y 21 muestras de plasma de pacientes con tumores sólidos metastásicos. El estado de MSI determinado por ddPCR se comparó con la PCR convencional utilizando un panel pentapléxico y la inmunohistoquímica (IHC).

El rendimiento analítico, incluido el límite en blanco (LoB) y el límite de detección (LoD), se evaluó utilizando ADN de líneas celulares, y se establecieron los puntos de corte clínicos utilizando el análisis de la curva característica del receptor (ROC). Resultados: El ensayo de ddPCR demostró una alta sensibilidad analítica, con valores de LoD de 0,075% para BAT-26, 0,1% para ACVR2A y 0,025% para DEFB105A/B. Utilizando puntos de corte clínicos optimizados, la tasa de concordancia entre los ensayos de ddPCR y PCR convencional fue del 98,4% en las muestras de tejido. El rendimiento del marcador varió según el tipo de cáncer, y se observó una sensibilidad reducida en el cáncer endometrial.

En las muestras de plasma, se detectó MSI-H en 1 de 21 casos (4,8%), y la tasa de concordancia general con el estado de MSI basado en tejido fue del 94,7%. Conclusiones: El ensayo de ddPCR demostró una alta concordancia con los métodos convencionales de prueba de MSI y mostró potencial como una herramienta sensible para la detección de MSI tanto en muestras de tejido como de plasma.

Sin embargo, se requiere la optimización de los paneles de marcadores y el establecimiento de puntos de corte clínicos específicos para cada tipo de muestra, particularmente para el análisis basado en ctDNA. Se necesitan estudios a gran escala adicionales para validar la utilidad clínica de la ddPCR para la detección y el seguimiento de la MSI.