Los costos de las terapias contra el cáncer están aumentando rápidamente en todo el mundo, y las nuevas terapias, como el tratamiento dirigido y las inmunoterapias, son los principales contribuyentes, pero su eficacia puede ser baja o incierta debido a la limitada vigilancia postcomercialización. Los biomarcadores fiables para identificar a los pacientes con una probabilidad muy baja de responder a las terapias contra el cáncer representan una necesidad clínica y social cada vez más importante, ya que podrían evitar tratamientos innecesarios, reducir los efectos secundarios y aliviar la presión sobre los sistemas de atención médica. Desarrollamos un marco estadístico sólido para la identificación de biomarcadores de no respuesta a los tratamientos sistémicos y lo aplicamos a los datos de secuenciación del genoma completo y del transcriptoma de pacientes con cáncer (N = 2594) con enfermedad avanzada. Nuestro enfoque identificó biomarcadores genómicos y transcriptómicos de no respuesta conocidos y potencialmente nuevos, como los eventos clave de evasión inmune en pacientes con melanoma cutáneo tratados con inhibidores de los puntos de control de la proteína 1 de muerte celular programada y las mutaciones KRAS G12 en pacientes con cáncer colorrectal metastásico tratados con diferentes regímenes de quimioterapia.
El análisis de la potencia analítica reveló que, para la mayoría de los tratamientos y/o tipos de cáncer, el tamaño de las cohortes sigue siendo insuficiente. La identificación sistemática de las señales de no respuesta revela múltiples biomarcadores potenciales que requerirán cohortes más grandes para su implementación clínica prospectiva.
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