Variabilidad genómica de la línea celular HCT116 identificada mediante secuenciación con Oxford Nanopore.

HCT116 es una línea celular de cáncer colorrectal que se utiliza con frecuencia en experimentos de desarrollo de fármacos antitumorales, así como en estudios del mecanismo molecular de las células eucariotas. Está bien caracterizada por la presencia de varias mutaciones de un solo nucleótido y mutaciones cortas en múltiples oncogenes y genes supresores de tumores, incluidos KRAS, PIK3CA, MLH1, CTNNB1, CDKN2A, TGFBR2 y BRCA2.

Sin embargo, su perfil de grandes reordenamientos genómicos (LGR) y variantes del número de copias (CNV) aún no se comprende completamente.

Por lo tanto, el objetivo de este estudio fue identificar los LGR y los CNV en varias muestras de la línea celular HCT116 utilizando la tecnología de secuenciación Oxford Nanopore, incluidas tres muestras de la base de datos SRA NCBI, y comparar las variantes comunes y únicas en todas las muestras. Utilizando la herramienta eLaRodON, desarrollada recientemente, identificamos 22.666 LGR comunes, entre los cuales más del 70% de las duplicaciones y deleciones en tándem de más de 80 kb fueron confirmadas mediante el análisis de CNV. Entre los LGR que afectan a las secuencias codificantes de proteínas, se identificaron dos reordenamientos en fase: una deleción de los exones 4-6 y una duplicación del exón 10 en el gen CCSER1, que codifica una proteína reguladora de la división celular. Dada su alta tasa de reordenamiento en varios tumores y la importancia clínica de su sobreexpresión, este hallazgo puede ser potencialmente útil en futuras investigaciones sobre esta línea celular.

En cuanto a las diferencias entre las muestras, encontramos que los LGR en la muestra de laboratorio y en una de las tres muestras de SRA NCBI se producen con mayor frecuencia a través de repeticiones ALR/Alpha que a través de repeticiones Alu, en contraste con los LGR comunes y aquellos que son únicos de las otras muestras, un hallazgo que puede indicar la presencia de mecanismos únicos de inestabilidad genómica.

Por lo tanto, este estudio revela un amplio espectro de grandes reordenamientos genómicos y variantes del número de copias que se pueden identificar en la línea celular HCT116 utilizando la secuenciación Oxford Nanopore, incluidos los reordenamientos específicos de distintas muestras de la línea celular.