El análisis integrado de perfiles genómicos y transcriptómicos revela características moleculares distintivas del cáncer colorrectal en una cohorte india.

El cáncer colorrectal (CCR) presenta una heterogeneidad molecular considerable, lo que requiere enfoques integradores para definir subtipos tumorales clínicamente relevantes. Aunque grandes consorcios internacionales han realizado un análisis exhaustivo del CCR, los conjuntos de datos globales representan de forma insuficiente a muchas etnias. Comprender cómo los tumores locales se alinean con o difieren de las cohortes caracterizadas a nivel mundial es esencial para contextualizar la biología de la enfermedad y refinar las estrategias de oncología de precisión.

Este estudio se diseñó como un análisis comparativo y exploratorio, que se comparó con un panorama genómico global (GGL) de 2023 tumores de CCR. Se realizó una secuenciación del exoma completo y del transcriptoma en tumores confirmados por patología (N = 20) y tejidos normales (N = 5) utilizando el Illumina HiSeqX. Las canalizaciones bioinformáticas identificaron variantes somáticas y genes desregulados, que se compararon con los datos del GGL. Identificamos 814 genes desregulados y aproximadamente 16 440 variantes somáticas.

Si bien el perfil de sustitución de una sola base (SBS) fue similar al del GGL, una firma de sustitución de doble base (DBS17) y dos firmas de inserción-deleción (ID7, ID19) fueron exclusivas de nuestra cohorte. Se observaron seis genes impulsores (ACVR2A/BAX/PRDM2/RGS12/RNF43/TCF7L2) con variantes recurrentes en nuestra cohorte. Solo tres genes con funciones emergentes en el CCR (MET/SOX9/TGIF1) se superpusieron en la desregulación, la variación somática y los conjuntos de datos del GGL. Las variantes en puntos críticos de indel en EIF2B3 (p.Ala151GlnfsTer57) y UBR5 (p.Glu2121LysfsTer28) fueron exclusivas de los no supervivientes.

La prevalencia de las mutaciones canónicas occidentales (APC, TP53, KRAS, PIK3CA, SMAD4) fue notablemente menor en nuestra cohorte. Pocos genes con dianas farmacológicas se superpusieron con el GGL; sin embargo, se identificaron varios objetivos aprobados o de alta confianza. En comparación con el panorama genómico global, nuestros hallazgos sugieren posibles diferencias asociadas a la población en la arquitectura de los genes impulsores y en las oportunidades terapéuticas, lo que justifica su validación en cohortes indias independientes más amplias.