Nueva plataforma de PCR mediada por ligación y sonda de interconexión para la detección ultrasensible y altamente específica de variaciones de un solo nucleótido de baja frecuencia.

La detección precisa de las variaciones de un solo nucleótido (SNV) en el ADN tumoral circulante (ctDNA) es fundamental para el diagnóstico temprano del cáncer y la terapia personalizada. Los métodos convencionales enfrentan desafíos debido a las bajas frecuencias alélicas de las variantes y la alta homología de secuencia con el ADN de tipo salvaje (WT). En el presente estudio, desarrollamos un sistema de PCR mediada por ligación basada en sondas de interconexión (IP-LMPCR) que impone restricciones estructurales estrictas para garantizar que la ligación solo se produzca cuando se produce una hibridación perfecta. Este enfoque innovador reduce eficazmente las señales falsas positivas de las secuencias WT y mejora significativamente la especificidad.

El sistema alcanza una sensibilidad subpicomolar, con un límite de detección de 0,32 pM para KRAS G12D, y puede identificar mutaciones con una abundancia del 0,1 % en mezclas complejas.

Además, las sondas de interconexión mostraron una especificidad excepcional para discriminar las mutaciones de una sola base, incluso en presencia de secuencias WT homólogas. La validación clínica utilizando muestras de sangre de pacientes con cáncer colorrectal confirmó la precisión y la fiabilidad del método. Esta plataforma fácil de usar proporciona un enfoque sensible, específico y de alta confianza para la detección de SNV en ctDNA, lo que demuestra un considerable potencial para la monitorización del cáncer y la medicina de precisión. Al minimizar la ligación no específica, mejorar la compatibilidad con el ADN fragmentado y lograr una resolución de un solo nucleótido, esta tecnología ha establecido un nuevo estándar para las aplicaciones de biopsia líquida en la oncología de precisión.