Desarrollo de un ensayo de secuenciación dúplex basado en APC y TP53 para predecir de forma positiva la respuesta del cáncer colorrectal a la terapia anti-EGFR.

Las terapias con inhibidores de EGFR (EGFRi) han sido aprobadas por la FDA para el cáncer colorrectal metastásico (CCR).

Sin embargo, las pruebas extendidas de RAS/RAF requeridas en las etiquetas de los fármacos solo identifican a los pacientes que no responden al tratamiento, y solo alrededor del 50% de los pacientes seleccionados responden a la terapia, lo que sugiere la necesidad de desarrollar biomarcadores adicionales. Previamente, informamos sobre las mutaciones combinadas en APC y TP53 como un posible biomarcador positivo para identificar a los pacientes sensibles a EGFRi. Aprovechando la tecnología de secuenciación dúplex (DS) de TwinStrand, este estudio desarrolló un ensayo DS ultrasensible de 6 genes que añade un filtro positivo para las mutaciones APC(A) y TP53(P) además de los filtros negativos para las mutaciones KRAS(K), BRAF(B) y NRAS(N) para la terapia con EGFRi. El ensayo DS de 6 genes se validó analíticamente utilizando líneas celulares de referencia (n = 9, secuenciadas individualmente a una profundidad dúplex de > 3.000x).

El ensayo arrojó un rendimiento analítico excepcionalmente alto en (1) precisión, (2) sensibilidad, (3) especificidad y (4) exactitud. La aplicación a tejidos frescos congelados (FF) y tejidos fijados en formalina y embebidos en parafina (FFPE) emparejados de 21 pacientes con CCR demuestra que el ensayo DS ultrasensible puede detectar con precisión mutaciones "nuevas" adicionales a bajas frecuencias alélicas en comparación con un método estándar de NGS (13 de las 17 nuevas mutaciones tenían una frecuencia alélica de variante (VAF) < 10%), lo que puede ser, en última instancia, responsable de la resistencia a los fármacos.

Además, el análisis de Kaplan-Meier de las muestras de FFPE secuenciadas con DS de EGFRi mostró que los pacientes con CCR metastásico en tercera línea que presentaban mutaciones combinadas en APC y TP53 (AP/APK(N) frente a otros) tendían a tener un TOT más prolongado (6,65 frente a 3,60 meses, p = 0,048, n = 29). Estos datos sugieren el potencial del ensayo de secuenciación dúplex de 6 genes para mejorar la selección de pacientes para la terapia con EGFRi y los resultados terapéuticos.