Características moleculares de pacientes chinos con cáncer colorrectal y inestabilidad de microsatélites.

• El cáncer colorrectal (CCR) con alta inestabilidad de microsatélites (MSI-H) y el CCR con estabilidad de microsatélites (MSS) en la población china difieren en sus características moleculares.

¿Qué se sabe y qué es nuevo?

• El CCR MSI-H es un subtipo molecular distinto asociado con una alta carga mutacional tumoral y un potencial beneficio del inmunoterapia.

• El CCR MSI-H en la población china se caracteriza por una alta carga mutacional tumoral, bajos puntajes de deficiencia de recombinación homóloga, una infección poco frecuente por el virus de Epstein-Barr y enriquecimientos mutacionales específicos.

¿Cuál es la implicación y qué debe cambiar ahora?

• El uso de un perfil genómico exhaustivo para caracterizar mejor el CCR MSI-H e informar estrategias terapéuticas personalizadas en pacientes chinos.

Introducción

El cáncer colorrectal (CCR) se clasifica como el tercer tumor maligno más frecuente en el mundo, y China tiene la segunda tasa de incidencia más alta después del cáncer de pulmón, mientras que su tasa de mortalidad ocupa el cuarto lugar tanto en las partes oriental como occidental del mundo (^[1],^[2]). En los últimos años, el desarrollo de diagnósticos moleculares ha avanzado significativamente el tratamiento del CCR, específicamente en la inmunoterapia. Basándose en esto, el estudio KEYNOTE-177 en 2020 estableció los inhibidores de la proteína de muerte celular programada-1 (PD-1) como terapia de primera línea para el CCR en estadio avanzado con reparación deficiente del emparejamiento de ADN (dMMR)/alta inestabilidad de microsatélites (MSI-H), promoviendo aún más la investigación del CCR MSI-H. El término MSI se refiere al fenómeno en el que las secuencias de ADN en tándem repetidas llamadas microsatélites (MS), que consisten en un máximo de seis nucleótidos del genoma humano, cambian su longitud debido a la dMMR defectuosa, que no restaura adecuadamente las secuencias faltantes o insertadas (^[3]). Aunque varios estudios indican diferentes tasas, las tasas de incidencia de MSI entre los pacientes con CCR varían y oscilan entre el 6,3% y el 20,3% (^[4],^[5]).

Aparte del MSI-H, el ligando de muerte celular programada-1 (PD-L1) y la carga mutacional tumoral (TMB) también son biomarcadores relacionados con la inmunoterapia. Según Kim et al. (^[6]), la expresión de PD-L1 en las células tumorales e inmunitarias se relaciona con los subtipos de CCR MSI-H con alta metilación y ricos en células inmunitarias. Trabucco et al. (^[7]) informaron que el MSI-H y el TMB-H a menudo coexisten en los tumores sólidos, pero la presencia de TMB-H no siempre implica la presencia de MSI-H. Actualmente, existen datos escasos e inconsistentes sobre el papel del virus de Epstein-Barr (VEB) y la deficiencia de recombinación homóloga (HRD) en el CCR. Por lo tanto, es crucial investigar la correlación entre el VEB, la HRD y el MSI-H en el CCR (^[8]). Algunos estudios han identificado variaciones en las mutaciones genéticas en pacientes con tumores de microsatélites estables (MSS) y fenotipos MSI-H de CCR (^[4],^[7],^[9],^[10]); sin embargo, existe un riesgo potencial de sesgo debido a los estudios limitados realizados en poblaciones chinas. Por lo tanto, esta investigación emprendió un análisis exploratorio exhaustivo de pacientes chinos con CCR de este tipo utilizando un gran tamaño de muestra. Presentamos este artículo de acuerdo con la lista de verificación de informes STROBE (disponible en https://tgh.amegroups.com/article/view/10.21037/tgh-2025-169/rc).

Métodos

Este estudio recopiló retrospectivamente datos de muestra de 14.239 pacientes con CCR que se sometieron a secuenciación de nueva generación (NGS) en Shanghai 3D Medicines Inc. entre 2017 y 2022. El laboratorio cuenta con la certificación de CAP, CLIA e ISO. El estudio se llevó a cabo de acuerdo con la Declaración de Helsinki y sus modificaciones posteriores. El estudio fue aprobado por el Comité de Ética del Hospital Afiliado de la Universidad Médica de Guizhou. Se renunció al requisito del consentimiento informado por escrito por el comité de ética debido a la naturaleza retrospectiva del estudio y al uso de datos desidentificados. Los resultados de la NGS se combinaron con datos clínicos relevantes, incluida la edad y el sexo.

Tipos de muestra y flujo de trabajo

Se incluyeron un total de 14.239 pacientes en este estudio. De ellos, 12.892 casos se analizaron utilizando solo muestras de tejido, 1.294 casos utilizando solo muestras de sangre, 48 casos tenían muestras de tejido y sangre emparejadas disponibles para la secuenciación y no se dispuso de la información del tipo de muestra para 5 casos.

El flujo de trabajo general incluyó la extracción de ADN, la preparación de la biblioteca con identificadores moleculares únicos (UMI), el enriquecimiento híbrido mediante un panel de NGS personalizado, la secuenciación en la plataforma NovaSeq 6000 y los análisis bioinformáticos posteriores para la variación de nucleótido único (SNV)/indel, CNV, fusión de genes, MSI, TMB y HRD, con métricas clave de control de calidad (QC) monitoreadas durante todo el proceso.

Método de prueba NGS

El método NGS secuenció muestras de tejido o plasma de pacientes con CCR y cubrió todo el exón y algunos intrones de 500 o 100 loci MSI seleccionados y 733 genes relacionados con el cáncer (la lista completa se proporcionó en la Tabla S1). Un patólogo evaluó el contenido de células tumorales de todos los especímenes para garantizar ≥20%. La biblioteca de ADN capturada se sometió a una secuenciación de extremo emparejado de 100 pb en la plataforma NovaSeq 6000 (Illumina) según lo descrito anteriormente (^[11]). La profundidad de secuenciación promedio para las muestras de tejido fue ≥500×, para las muestras de sangre fue ≥5.000× y para los genes relacionados con el pronóstico y la resistencia fue ≥30.000×. Los datos de secuenciación se analizaron para determinar SNV, indel, CNV, fusión de genes, estado de MSI, TMB, puntaje de HRD y VEB.

Método de prueba de TMB

El método de prueba de TMB contó los SNV y los indel sinónimos y no sinónimos en la región codificante de las células examinadas, excluyendo las mutaciones impulsoras. Se consideraron todos los SNV y los indel en la región codificante del gen objetivo, incluidos los de sentido alterado, silenciosos, terminación prematura de la traducción, pérdida del codón de parada, en marco y fuera de marco. Para la TMB sanguínea (bTMB), se excluyeron los polimorfismos de nucleótido único (SNP) germinales conocidos con frecuencias de población ≥0,015 en las bases de datos dbSNP, 1000 Genomes y ESP6500 (^[12]).

Método de prueba de MSI

El método de prueba de MSI calculó el estado de MSI utilizando un script R desarrollado internamente (^[12]). Se analizaron las distribuciones de la longitud de repetición en cada locus MS para evaluar la inestabilidad del locus. El análisis de MSI se realizó utilizando dos fuentes de muestra: ADN de tejido tumoral y ADN tumoral circulante (ctDNA) del plasma. Para las muestras de tejido, el MSI se evaluó utilizando un panel que cubre 500 loci MS. Para las muestras de plasma, el MSI basado en sangre (bMSI) se refiere al MSI detectado a partir del ctDNA derivado del plasma. Las muestras de plasma se procesaron según lo descrito anteriormente (^[12]) y el ADN extraído del plasma se sometió a análisis de MSI utilizando un panel de 100 marcadores MS, y el flujo de trabajo se validó mediante PCR de tejido, como se informó anteriormente (^[12]). El puntaje de MSI o bMSI se definió como el porcentaje de loci inestables. Las muestras de tejido con un puntaje de MSI ≥0,4 se clasificaron como MSI-H, de lo contrario, como MSS. Las muestras con puntajes de bMSI ≥0,2 se clasificaron como bMSI-H, de lo contrario, como bMSS.

Método de prueba de HRD

Este estudio desarrolló el algoritmo 3DMed-HRD para medir la HRD como la suma de la pérdida de heterocigosidad genómica (LOH), el desequilibrio alélico de telómeros (TAI) y las grandes transiciones segmentarias (LST) (^[11]). Estos SNP se distribuyen por todo el genoma humano, superando los 10.000. Se utilizó un umbral de puntaje de HRD de 30 cuando fue relevante para la interpretación de fondo (^[13]).

Análisis estadístico

El análisis estadístico se realizó utilizando SPSS 25. Las variables continuas se expresaron como una mediana con un rango, mientras que las variables categóricas y de conteo se presentaron con valores absolutos y porcentajes. Se utilizó la prueba de Chi-cuadrado de Pearson para las comparaciones, y todas las pruebas fueron de dos colas. En términos de significación estadística, se observaron valores de P menores que 0,05 como significativos.

Tipos de muestra y flujo de trabajo

Se incluyeron un total de 14.239 pacientes en este estudio. De ellos, 12.892 casos se analizaron utilizando solo muestras de tejido, 1.294 casos utilizando solo muestras de sangre, 48 casos tenían muestras de tejido y sangre emparejadas disponibles para la secuenciación y no se dispuso de la información del tipo de muestra para 5 casos.

El flujo de trabajo general incluyó la extracción de ADN, la preparación de la biblioteca con identificadores moleculares únicos (UMI), el enriquecimiento híbrido mediante un panel de NGS personalizado, la secuenciación en la plataforma NovaSeq 6000 y los análisis bioinformáticos posteriores para la variación de nucleótido único (SNV)/indel, CNV, fusión de genes, MSI, TMB y HRD, con métricas clave de control de calidad (QC) monitoreadas durante todo el proceso.

Método de prueba NGS

El método NGS secuenció muestras de tejido o plasma de pacientes con CCR y cubrió todo el exón y algunos intrones de 500 o 100 loci MSI seleccionados y 733 genes relacionados con el cáncer (la lista completa se proporcionó en la Tabla S1). Un patólogo evaluó el contenido de células tumorales de todos los especímenes para garantizar ≥20%. La biblioteca de ADN capturada se sometió a una secuenciación de extremo emparejado de 100 pb en la plataforma NovaSeq 6000 (Illumina) según lo descrito anteriormente (^[11]). La profundidad de secuenciación promedio para las muestras de tejido fue ≥500×, para las muestras de sangre fue ≥5.000× y para los genes relacionados con el pronóstico y la resistencia fue ≥30.000×. Los datos de secuenciación se analizaron para determinar SNV, indel, CNV, fusión de genes, estado de MSI, TMB, puntaje de HRD y VEB.

Método de prueba de TMB

El método de prueba de TMB contó los SNV y los indel sinónimos y no sinónimos en la región codificante de las células examinadas, excluyendo las mutaciones impulsoras. Se consideraron todos los SNV y los indel en la región codificante del gen objetivo, incluidos los de sentido alterado, silenciosos, terminación prematura de la traducción, pérdida del codón de parada, en marco y fuera de marco. Para la TMB sanguínea (bTMB), se excluyeron los polimorfismos de nucleótido único (SNP) germinales conocidos con frecuencias de población ≥0,015 en las bases de datos dbSNP, 1000 Genomes y ESP6500 (^[12]).

Método de prueba de MSI

El método de prueba de MSI calculó el estado de MSI utilizando un script R desarrollado internamente (^[12]). Se analizaron las distribuciones de la longitud de repetición en cada locus MS para evaluar la inestabilidad del locus. El análisis de MSI se realizó utilizando dos fuentes de muestra: ADN de tejido tumoral y ADN tumoral circulante (ctDNA) del plasma. Para las muestras de tejido, el MSI se evaluó utilizando un panel que cubre 500 loci MS. Para las muestras de plasma, el MSI basado en sangre (bMSI) se refiere al MSI detectado a partir del ctDNA derivado del plasma. Las muestras de plasma se procesaron según lo descrito anteriormente (^[12]) y el ADN extraído del plasma se sometió a análisis de MSI utilizando un panel de 100 marcadores MS, y el flujo de trabajo se validó mediante PCR de tejido, como se informó anteriormente (^[12]). El puntaje de MSI o bMSI se definió como el porcentaje de loci inestables. Las muestras de tejido con un puntaje de MSI ≥0,4 se clasificaron como MSI-H, de lo contrario, como MSS. Las muestras con puntajes de bMSI ≥0,2 se clasificaron como bMSI-H, de lo contrario, como bMSS.

Método de prueba de HRD

Este estudio desarrolló el algoritmo 3DMed-HRD para medir la HRD como la suma de la pérdida de heterocigosidad genómica (LOH), el desequilibrio alélico de telómeros (TAI) y las grandes transiciones segmentarias (LST) (^[11]). Estos SNP se distribuyen por todo el genoma humano, superando los 10.000. Se utilizó un umbral de puntaje de HRD de 30 cuando fue relevante para la interpretación de fondo (^[13]).

Análisis estadístico

El análisis estadístico se realizó utilizando SPSS 25. Las variables continuas se expresaron como una mediana con un rango, mientras que las variables categóricas y de conteo se presentaron con valores absolutos y porcentajes. Se utilizó la prueba de Chi-cuadrado de Pearson para las comparaciones, y todas las pruebas fueron de dos colas. En términos de significación estadística, se observaron valores de P menores que 0,05 como significativos.

El estudio analizó datos de 14.239 pacientes con cáncer de colon o recto (Tabla 1), con una prevalencia del 62,9% y el 37,1%, respectivamente. De estos pacientes, el 7,15% presentaba cáncer de colon MSI-H, una tasa de incidencia inferior al 10-20% que se informa en las poblaciones europeas y americanas. La incidencia de MSI-H fue mayor en el cáncer de colon que en el cáncer de recto (10% frente a 2,4%, p < 0,05). No se encontró una diferencia significativa en la incidencia de MSI-H entre pacientes masculinos y femeninos (6,89% frente a 7,60%, p = 0,10). La edad media al diagnóstico de CRC fue de 59 años (10-94 años), mientras que la edad de inicio de los pacientes MSI-H fue significativamente menor que la de los pacientes MSS (53 frente a 59 años, p < 0,05), lo que coincide con los informes en la población china (^[4]). En las lesiones primarias, las metástasis y la sangre de los pacientes con CRC, las tasas de detección de MSI-H fueron del 8,13%, el 2,64% y el 4,29%, respectivamente (p < 0,05). La detección de MSI-H fue mayor en las lesiones primarias y menor en las metástasis. Además, de los 8.360 pacientes, se analizaron 6.975 y 6.339 para determinar los puntajes de HRD y EBV, lo que resultó en una carga mutacional tumoral (TMB) y un puntaje de HRD promedio de 17,5 mutaciones/Mb y 12,8, respectivamente. La TMB de los pacientes MSI-H fue significativamente mayor que la de los pacientes MSS (92,28 frente a 12,07 mutaciones/Mb, p < 0,05), mientras que el puntaje de HRD fue menor (4,53 frente a 13,5, p < 0,05). La tasa de positividad para EBV entre los pacientes con CRC fue del 0,4% (27 casos), sin detectar casos de MSI-H positivos para EBV. En resumen, el estudio indica que la incidencia de MSI-H es relativamente baja en la población china y está asociada con una alta TMB y bajos puntajes de HRD, mostrando diferencias significativas entre MSI-H y MSS en la edad, la ubicación del tumor y el tipo de muestra.

Características moleculares de los pacientes con CRC MSI-H frente a MSS

Hubo una diferencia significativa en la frecuencia de las mutaciones somáticas entre los subtipos MSI-H y MSS, como lo indican las tasas de frecuencia de varios biomarcadores genéticos importantes en la Figura 1. Los genes más comúnmente mutados en el CRC incluyeron APC (69,34%), TP53 (66,49%), KRAS (49,88%) y PIK3CA (16,63%), entre otros, como BRAF (6,39%), NRAS (3,83%), GNAS (3,32%), ERBB2 (5,23%), BRCA2 (3,42%) y BRCA1 (1,34%). La tasa de positividad de KRAS fue consistente en ambos subtipos, MSI-H y MSS (50,27% frente a 49,86%, p = 0,781). Las frecuencias de TGFBR2 (43,93% frente a 0,71%), PIK3CA (41,63% frente a 14,67%, p < 0,05), BRAF (11,04% frente a 0,89%, p < 0,05) y ERBB2 (10,38% frente a 4,83%, p < 0,05) fueron significativamente mayores en el grupo MSI-H en comparación con MSS, mientras que las tasas de positividad de APC (51,26% frente a 70,76%, p < 0,05), TP53 (27,76% frente a 69,54%, p < 0,05) y NRAS (1,86% frente a 3,98%, p < 0,05) fueron mayores en MSS. Además, observamos cambios en el sistema dMMR, como en ARID1A (48,31% frente a 4,61%, p < 0,05), MSH6 (37,27% frente a 0,97%), MLH3 (37,05% frente a 0,27%), BRCA2 (28,63% frente a 1,44%), ATR (23,39% frente a 1,101%), MLH1 (20,77% frente a 0,31%), MLH3 (14,32% frente a 0,43%) y BRCA1 (8,31% frente a 0,80%), probablemente debido a la asociación conocida entre dMMR y MSI. Además, nuestro análisis mostró que las mutaciones de KRAS generalmente ocurrieron con tasas más bajas de mutaciones de NRAS, y que las mutaciones de KRAS y BRAF p.V600E fueron incompatibles, pero podían coexistir con otras mutaciones de BRAF. En general, excepto por las mutaciones de APC y TP53, MSI-H presenta una mayor frecuencia de mutaciones en varios genes.

Examinamos la relación entre la TMB en diferentes tipos de CRC y el estado MSI. Nuestro análisis mostró una diferencia significativa entre los subtipos MSI-H y MSS. La TMB media en las lesiones primarias, las metástasis y la sangre del CRC MSI-H fue de 93,58 frente a 81,51 frente a 82,54, respectivamente (p = 0,41), mientras que en MSS, la TMB media en las lesiones primarias, las metástasis y la sangre fue de 12,35 frente a 8,638 frente a 11,26, respectivamente (p = 0,03), con una TMB más alta en las lesiones primarias que en las metástasis (Figura 2A, 2B). De manera similar, la TMB en las lesiones primarias y las metástasis del CRC MSI-H fue mayor que en MSS (93,58 frente a 12,35, p < 0,001; 81,51 frente a 8,638, p < 0,001), mientras que no hubo una diferencia significativa en la TMB entre MSI-H y MSS en la sangre (82,54 frente a 93,58, p = 0,29) (Figura 2C-2F).

Además, analizamos la correlación entre 16 genes de la vía de reparación de la recombinación homóloga (HRR) y HRD, y encontramos que el puntaje de HRD en el grupo de tipo salvaje de los genes HRR fue notablemente mayor que en el grupo mutado (13,53 frente a 9,82, p < 0,001). No hubo una asociación significativa entre el estado de mutación de los genes HRR y los puntajes de HRD en los grupos MSS y MSI-H (13,61 frente a 14,22, p = 0,19; 4,128 frente a 4,569, p = 0,54), como se muestra en la Figura 3A-3C. La Figura 3D, 3E muestra que los puntajes de HRD fueron más escasos tanto en el grupo de mutación de HRR como en el grupo MSS. La tasa de positividad para EBV en el CRC fue del 0,4% (27 casos), y no se informó ningún caso de MSI-H positivo para EBV, como se muestra en la Figura 3F.

Las características de los pacientes con CRC MSI-H y MSS

El estudio analizó datos de 14.239 pacientes con cáncer de colon o recto (Tabla 1), con una prevalencia del 62,9% y el 37,1%, respectivamente. De estos pacientes, el 7,15% presentaba cáncer de colon MSI-H, una tasa de incidencia inferior al 10-20% que se informa en las poblaciones europeas y americanas. La incidencia de MSI-H fue mayor en el cáncer de colon que en el cáncer de recto (10% frente a 2,4%, p < 0,05). No se encontró una diferencia significativa en la incidencia de MSI-H entre pacientes masculinos y femeninos (6,89% frente a 7,60%, p = 0,10). La edad media al diagnóstico de CRC fue de 59 años (10-94 años), mientras que la edad de inicio de los pacientes MSI-H fue significativamente menor que la de los pacientes MSS (53 frente a 59 años, p < 0,05), lo que coincide con los informes en la población china (^[4]). En las lesiones primarias, las metástasis y la sangre de los pacientes con CRC, las tasas de detección de MSI-H fueron del 8,13%, el 2,64% y el 4,29%, respectivamente (p < 0,05). La detección de MSI-H fue mayor en las lesiones primarias y menor en las metástasis. Además, de los 8.360 pacientes, se analizaron 6.975 y 6.339 para determinar los puntajes de HRD y EBV, lo que resultó en una carga mutacional tumoral (TMB) y un puntaje de HRD promedio de 17,5 mutaciones/Mb y 12,8, respectivamente. La TMB de los pacientes MSI-H fue significativamente mayor que la de los pacientes MSS (92,28 frente a 12,07 mutaciones/Mb, p < 0,05), mientras que el puntaje de HRD fue menor (4,53 frente a 13,5, p < 0,05). La tasa de positividad para EBV entre los pacientes con CRC fue del 0,4% (27 casos), sin detectar casos de MSI-H positivos para EBV. En resumen, el estudio indica que la incidencia de MSI-H es relativamente baja en la población china y está asociada con una alta TMB y bajos puntajes de HRD, mostrando diferencias significativas entre MSI-H y MSS en la edad, la ubicación del tumor y el tipo de muestra.

Características moleculares de los pacientes con CRC MSI-H frente a MSS

Hubo una diferencia significativa en la frecuencia de las mutaciones somáticas entre los subtipos MSI-H y MSS, como lo indican las tasas de frecuencia de varios biomarcadores genéticos importantes en la Figura 1. Los genes más comúnmente mutados en el CRC incluyeron APC (69,34%), TP53 (66,49%), KRAS (49,88%) y PIK3CA (16,63%), entre otros, como BRAF (6,39%), NRAS (3,83%), GNAS (3,32%), ERBB2 (5,23%), BRCA2 (3,42%) y BRCA1 (1,34%). La tasa de positividad de KRAS fue consistente en ambos subtipos, MSI-H y MSS (50,27% frente a 49,86%, p = 0,781). Las frecuencias de TGFBR2 (43,93% frente a 0,71%), PIK3CA (41,63% frente a 14,67%, p < 0,05), BRAF (11,04% frente a 0,89%, p < 0,05) y ERBB2 (10,38% frente a 4,83%, p < 0,05) fueron significativamente mayores en el grupo MSI-H en comparación con MSS, mientras que las tasas de positividad de APC (51,26% frente a 70,76%, p < 0,05), TP53 (27,76% frente a 69,54%, p < 0,05) y NRAS (1,86% frente a 3,98%, p < 0,05) fueron mayores en MSS. Además, observamos cambios en el sistema dMMR, como en ARID1A (48,31% frente a 4,61%, p < 0,05), MSH6 (37,27% frente a 0,97%), MLH3 (37,05% frente a 0,27%), BRCA2 (28,63% frente a 1,44%), ATR (23,39% frente a 1,101%), MLH1 (20,77% frente a 0,31%), MLH3 (14,32% frente a 0,43%) y BRCA1 (8,31% frente a 0,80%), probablemente debido a la asociación conocida entre dMMR y MSI. Además, nuestro análisis mostró que las mutaciones de KRAS generalmente ocurrieron con tasas más bajas de mutaciones de NRAS, y que las mutaciones de KRAS y BRAF p.V600E fueron incompatibles, pero podían coexistir con otras mutaciones de BRAF. En general, excepto por las mutaciones de APC y TP53, MSI-H presenta una mayor frecuencia de mutaciones en varios genes.

Examinamos la relación entre la TMB en diferentes tipos de CRC y el estado MSI. Nuestro análisis mostró una diferencia significativa entre los subtipos MSI-H y MSS. La TMB media en las lesiones primarias, las metástasis y la sangre del CRC MSI-H fue de 93,58 frente a 81,51 frente a 82,54, respectivamente (p = 0,41), mientras que en MSS, la TMB media en las lesiones primarias, las metástasis y la sangre fue de 12,35 frente a 8,638 frente a 11,26, respectivamente (p = 0,03), con una TMB más alta en las lesiones primarias que en las metástasis (Figura 2A, 2B). De manera similar, la TMB en las lesiones primarias y las metástasis del CRC MSI-H fue mayor que en MSS (93,58 frente a 12,35, p < 0,001; 81,51 frente a 8,638, p < 0,001), mientras que no hubo una diferencia significativa en la TMB entre MSI-H y MSS en la sangre (82,54 frente a 93,58, p = 0,29) (Figura 2C-2F).

Además, analizamos la correlación entre 16 genes de la vía de reparación de la recombinación homóloga (HRR) y HRD, y encontramos que el puntaje de HRD en el grupo de tipo salvaje de los genes HRR fue notablemente mayor que en el grupo mutado (13,53 frente a 9,82, p < 0,001). No hubo una asociación significativa entre el estado de mutación de los genes HRR y los puntajes de HRD en los grupos MSS y MSI-H (13,61 frente a 14,22, p = 0,19; 4,128 frente a 4,569, p = 0,54), como se muestra en la Figura 3A-3C. La Figura 3D, 3E muestra que los puntajes de HRD fueron más escasos tanto en el grupo de mutación de HRR como en el grupo MSS. La tasa de positividad para EBV en el CRC fue del 0,4% (27 casos), y no se informó ningún caso de MSI-H positivo para EBV, como se muestra en la Figura 3F.

Discusión

El CRC MSI-H es una población que es un objetivo apropiado para la inmunoterapia. Típicamente, el fenotipo MSI-H es más prevalente en el cáncer de colon que en el cáncer de recto. La tasa de detección de MSI-H del 7,15%, que es inferior a la de Europa y América (15%) (^[5]), pero similar a la frecuencia de MSI informada en la región oriental de China (6,31%) (^[4]) y la incidencia de dMMR del 7,6% informada por el equipo de Li Liang en el CRC (^[14]). Nuestros hallazgos indican que la tasa de detección de MSI-H en tumores primarios, sangre y tumores metastásicos varía. Además, la tasa de incidencia de MSI-H en tumores metastásicos es significativamente menor que en tumores primarios y muestras de sangre. Estudios previos también han llegado a esta conclusión, lo que sugiere que esto puede estar relacionado con las características biológicas de los tumores MSI-H (^[15]). Las tasas de detección obtenidas de diferentes tipos de muestras varían. Además, nuestra investigación mostró que los pacientes MSI-H son más jóvenes que los pacientes MSS, lo que puede servir como referencia diagnóstica para los médicos.

TMB es un biomarcador autónomo significativo para la inmunoterapia. Los estudios demuestran que TMB presenta una fuerte correlación con la tasa de respuesta objetiva (ORR) de la terapia anti-PD-1/PD-L1 en pacientes con tumores sólidos (^[20], ^[21]). Schrock y colaboradores (^[22]) y el equipo de Kabbarah (^[23]) informaron valores medianos de TMB de 46,1 y 52 Mut/Mb, respectivamente, para pacientes con cáncer colorrectal MSI-H, en comparación con 3,5 y 6 Mut/Mb, respectivamente, para pacientes MSS. Nuestra investigación reveló valores medianos de TMB significativamente más altos de 80 Mut/Mb para pacientes MSI-H y 6,7 Mut/Mb para pacientes MSS. Nuestros datos de TMB para pacientes con cáncer colorrectal MSI-H son evidentemente altos y pueden atribuirse a diferencias en las poblaciones estudiadas. Los pacientes MSI-H presentan valores de TMB más altos que los pacientes MSS, tanto en las lesiones primarias como en las metastásicas, y la tendencia no es significativa debido a la menor cantidad de muestras de sangre analizadas para MSI-H. En el tipo MSI-H, los valores de TMB analizados en diferentes tipos de muestras no mostraron diferencias significativas, mientras que en el tipo MSS, el TMB de las lesiones primarias fue mayor que el de las metástasis. Puccini y colaboradores (^[15]) informaron que TMB-H y MSI-H se observan más fácilmente en los tumores primarios que en las metástasis distantes. Puede existir heterogeneidad tumoral en diferentes muestras, y la detección de TMB en sangre puede superar este problema. Sin embargo, si el análisis de TMB en sangre es más ventajoso que el análisis de TMB en tejido requiere ensayos prospectivos para verificarlo.

Los pacientes con tumores malignos HRD-positivos, como el cáncer de ovario y de mama, han demostrado una alta sensibilidad a la quimioterapia con platino e inhibidores de PARP. El papel de la puntuación HRD en el contexto del CRC no está bien definido. Los métodos para determinar HRD incluyen la detección de mutaciones BRCA1/2 o HRR y la identificación de cicatrices genéticas HRD en el genoma celular. Los informes internacionales sobre la terapia con inhibidores de PARP en el cáncer de ovario utilizan principalmente cicatrices genómicas para identificar HRD. Nuestros datos de investigación demuestran una puntuación HRD media de 12,8, y la puntuación es significativamente menor en el grupo MSI-H que en el grupo MSS. Estudios previos han demostrado que el subgrupo HRD en pacientes con CRC MSS/reparación de desajustes (pMMR) presenta características moleculares y pronósticas únicas, y los genes HRD se encuentran con mayor frecuencia en los tumores MSI-H/dMMR que en los tumores MSS/pMMR (^[24]). Para la detección de mutaciones patógenas en genes relacionados con HRR, un estudio mostró que ARID1A fue el gen de mutación más común en el CRC, seguido de BRCA2, BRCA1, ATM, etc. Nuestros datos de investigación son consistentes con los resultados del estudio. Sin embargo, se observó una alta frecuencia de variación de HRR en MSI-H, pero la puntuación HRD fue menor. HRR es un gen detectado a nivel de causa, mientras que la puntuación HRD se identifica a nivel de resultado; estos dos no son del todo equivalentes. Se ha informado que aproximadamente el 36% de los tumores HRD-positivos no presentan mutaciones patógenas en los genes HRR, lo que sugiere que el estado de mutación de HRR por sí solo es insuficiente para predecir la presencia de HRD (^[25]). Se necesita más investigación para establecer si la combinación de las puntuaciones HRR y HRD guía mejor la terapia con inhibidores de PARP.

La infección por el virus de Epstein-Barr (VEB) está relacionada con la aparición y el desarrollo de diversos tumores, como el carcinoma nasofaríngeo, el cáncer gástrico y el linfoma, pero existen datos limitados sobre su asociación con el CRC. Estudios previos han informado que la infección por VEB presenta una asociación con los resultados patológicos y clínicos del CRC y podría facilitar la progresión del CRC (^[26]). Hemos investigado la prevalencia de la positividad para VEB en nuestra cohorte y hemos observado una tasa del 0,4%, que es sustancialmente menor en comparación con el amplio rango de tasas de positividad para VEB (1,4–46%: PCR e inmunohistoquímica) informado en estudios anteriores (^[8]). No obstante, algunos estudios han mostrado una expresión mínima o nula de VEB en el CRC invasivo (^[27], ^[28]). La positividad para VEB y MSI-H pueden ser mutuamente excluyentes, y se necesita una mayor exploración para comprender la relación entre MSI-H y VEB en el CRC.

Este es uno de los estudios con el mayor tamaño de muestra que investiga las diferencias moleculares entre los subtipos MSI-H y MSS en pacientes chinos con CRC. En comparación con MSS, MSI-H tiene características moleculares distintas. Además, TMB-H es más común en MSI-H, mientras que las puntuaciones HRD son más bajas en los fenotipos MSI-H, y VEB tiene una tasa de incidencia más baja en el CRC.

Sin embargo, este estudio tiene algunas limitaciones; su diseño retrospectivo puede haber dado lugar a un sesgo de selección implícito, y la heterogeneidad de los tipos de muestra (primaria, metastásica y plasma), las posibles diferencias de sensibilidad entre las pruebas basadas en tejido y plasma, y la anotación clínica limitada pueden haber influido aún más en los análisis. Además, no se dispuso de pruebas sistemáticas y emparejadas de la línea germinal de MMR en esta cohorte, lo que impidió una clasificación definitiva de los tumores MSI-H como asociados al síndrome de Lynch o esporádicos (^[29]). Se justifican futuros estudios prospectivos que integren el secuenciamiento emparejado de la línea germinal con datos epigenéticos y clínicos.

Considerando que las terapias dirigidas para la mayoría de las alteraciones genómicas en el CRC siguen siendo inadecuadas, una comprensión integral de las características moleculares de MSI-H como biomarcador inmunoterapéutico puede presentar oportunidades para el tratamiento de precisión del CRC en el futuro.

Conclusiones

En conclusión, el CRC MSI-H en la población china presenta características clinicopatológicas y moleculares distintas en comparación con los tumores MSS, incluidas las diferencias en los perfiles de mutación, TMB, puntuaciones HRD y estado de VEB. Nuestros hallazgos proporcionan una visión general completa del panorama molecular del CRC MSI-H en una gran cohorte china y respaldan aún más la importancia clínica de MSI como biomarcador para el tratamiento de precisión y la inmunoterapia. Se necesitan futuros estudios prospectivos que integren datos de la línea germinal, epigenéticos y de resultados clínicos para refinar aún más la clasificación molecular y el manejo terapéutico del CRC MSI-H.