Evaluación del rendimiento de un ensayo de genotipado de regiones críticas basado en MassARRAY, para el diagnóstico de cáncer colorrectal, que analiza los genes KRAS, NRAS, BRAF y PIK3CA utilizando muestras de tumores sólidos.

La identificación precisa de variantes somáticas relevantes es esencial para la estratificación terapéutica en el cáncer colorrectal (CCR). Si bien la secuenciación de nueva generación (NGS) permite una caracterización genómica exhaustiva, los enfoques dirigidos pueden proporcionar alternativas más rápidas y prácticas para el diagnóstico de rutina.

Este estudio evaluó el rendimiento analítico del panel iPLEX® High Sensitivity (HS) Colon de Agena Bioscience, utilizando la tecnología MassARRAY MALDI-TOF para la detección de variantes en puntos críticos de KRAS, NRAS, BRAF y PIK3CA en muestras fijadas en formalina e incluidas en parafina (FFPE). Se analizaron un total de 60 muestras clínicas y de referencia únicas, con el objetivo de detectar 26 variantes de un solo nucleótido y se compararon con un ensayo NGS dirigido ortogonal. El límite de detección (LOD) se evaluó utilizando diluciones seriadas de materiales de referencia, y la reproducibilidad intra- e inter-serie se evaluó en múltiples ejecuciones. Se calcularon métricas de rendimiento analítico, incluidos el porcentaje de concordancia positiva y negativa, los valores predictivos y las tasas de error.

El ensayo demostró una concordancia completa con NGS en todas las variantes evaluadas, requiriendo solo 20 ng de ADN, en comparación con los 80-120 ng necesarios para una ejecución NGS exitosa. Los estudios de LOD mostraron una detección confiable de múltiples variantes a una frecuencia alélica de variante de aproximadamente el 5%, con BRAF p.V600E detectable cerca del 1%. Los análisis intra- e inter-serie lograron una concordancia del 100%, confirmando la reproducibilidad del ensayo. Las métricas de rendimiento agregadas demostraron una alta sensibilidad y especificidad en un conjunto de muestras heterogéneo.

Estos hallazgos establecen el panel iPLEX® HS Colon como una plataforma confiable para la detección rápida de mutaciones en puntos críticos clínicamente relevantes.

Este estudio representa la validación analítica utilizando muestras tumorales FFPE mixtas; se justifica la evaluación en una cohorte más amplia de cáncer colorrectal.