Comparación metodológica de los métodos de secuenciación de lecturas cortas y de lecturas largas en muestras de cáncer colorrectal.

El cáncer colorrectal (CRC) está impulsado por un complejo espectro de mutaciones somáticas y variaciones estructurales que contribuyen a la heterogeneidad tumoral y resistencia terapéutica. En este estudio, realizamos un análisis comparativo de las tecnologías de secuenciación de lecturas cortas Illumina y de lecturas largas Nanopore en múltiples grupos de muestras de CRC, abarcando morfologías tisulares diversas. Nuestra evaluación incluyó métricas a nivel base general-como ratios nucleotídicos, tasas de coincidencia de secuencia y cobertura-al igual que el rendimiento del llamado de variantes, incluyendo distribuciones de frecuencias de alelo variante (VAF) y tasas de detección de mutaciones patogénicas. Centrándonos en genes relevantes clínicamente (KRAS, BRAF, TP53, APC, PIK3CA y otros), caracterizamos perfiles específicos del plataforma de detección y completamos la validación de verdad terrenal de las mutaciones somáticas KRAS y BRAF.

El análisis de variaciones estructurales (SV) reveló una capacidad mejorada de Nanopore para resolver grandes y complejas reorganizaciones, con precisión consistentemente alta a través de tipos SV, aunque el recuerdo variaba por clase y tamaño de variante. Para permitir una comparación directa con el panel exómico Illumina, aplicamos un archivo de referencia de posición exónica. Para evaluar el impacto de la profundidad y la amplificación por PCR, completamos una nueva secuencia de alto cobertura Nanopore. Este análisis confirmó que los protocolos libres de PCR preservan señales de metilación con mayor precisión, reforzando la utilidad de Nanopore para el perfil integrado genómico y epigenómico.

Juntos, estos hallazgos subrayan las fortalezas complementarias de las plataformas de secuenciación a nivel base corto y largo en genómica cancerígena de alta resolución, y destacamos la importancia de la normalización del cobertura, la fidelidad epigenética y el riguroso benchmarking en el descubrimiento de variantes.